Když se podíváme na název obce, tak nám vytane na mysli to, že musí mít něco společného s pražskou Libní a podobnými jmény. Nahlédnutím do knihy prof. Antonína Profouse "Místní jména v Čechách. Jejich vznik, původní význam a změny. II. díl. CH-L" zjistíme o tom následující:
"Libníkovice (lid. v Libníkovicích, do Libníkovic, libníkovskej, Libníkovák), ves 12 km vsv. od Hradce Králové: 1546 (1528) tento díl k Srubu kladu s těmito vesnicemi: ves Libnikowicze - ve vsi w Wyrawie, it. dvuor genikowsky, DZ. 45 D 16; 1542 (1537) na Srubě na Letci na tvrzi, v
Jeníkovicích -, v Libníkovicích na vsi celé, DZ. " (Vavr.), 121 256; 1790 Hft Smiržicz: Libnikowicz, Schaller XV, 250.
Jm. L. = ves Lidí Libníkových (srov. slovin. os. jm. Ljubnik, Mikl. PN. č. 207)."
Stejně tak nikdo dnes neví, kdy přesně tato ves vznikla, ale soudí se, že byla založena nebo výrazně vzrostla přistěhováním německých osadníků ve 13. století. Tomu by nasvědčovalo to, že ještě v 18. století se zde vyskytovalo několik rodin s německými příjmeními. Tato lokalita však byla osídlena již v pravěku, čehož důkazem může být nález hliněného přeslenu v roce 1881 a řada kamenných nástrojů z téže doby. První zmínka o Libníkovicích však pochází až z roku 1546, kdy je držel Václav Šárovec ze Šárova. Ten je nejspíše prodal smiřické vrchnosti, protože již v roce 1588 jsou Libníkovice uvedeny v urbáři smiřického panství. Roku 1625 byly na poručení Jana Rudolfa Trčky připojeny k panství opočenskému. Když byla panství opočenské a smiřické po jeho smrti v roce 1634 zkonfiskována, dostalo se opočenské panství následujícího roku Rudolfu z Colloredu, hraběti z Walsee a jeho bratrovi Jeronýmovi a smiřické Matyáši hraběti z Gallasu. V roce 1636 došlo ke sporu mezi novými majiteli obou panství o Libníkovice. Přestože byly přiřknuty k panství opočenskému, když se spisoval zvláštní komisí inventář obou panství roku 1636, poručil regent panství smiřického hejtmanovi smiřickému, aby vedl správu i nad Libníkovicemi. Hejtman poslechl a poslal poddané k jarnímu setí na polích při dvoru v Libníkovicích. Tito lidé však byli vráceni zpět opočenským hejtmanem Rašínem z Riesenburku, ale ve Smiřicích jim opět nakázali, aby se vrátili do Libníkovic. Tento spor hrozil ozbrojeným střetnutím, protože na obou stranách se začali sbírat mušketami a ručnicemi ozbrojení lidé. Nakonec k němu nedošlo, protože se oba hejtmani nějak dohodli. Rozepře o Libníkovice byla ukončena až v roce 1639, a to ve prospěch smiřického panství. Roku 1654 bylo v Libníkovicích 16 stavení. Tehdy však byly spojeny s
Libranticemi do jedné katastrální obce a teprve v josefinském katastru došlo k jejich rozdělení. Během 1. poloviny 18. století patřily Libníkovice mezi vesnice smiřického panství, odkud odešlo nejvíce lidí kvůli víře do exilu. V roce 1732 se vzbouřili poddaní na opočenském panství proti vrchnosti. Jako jeho účastník byl zatčen u Zárybnického ovčáka Jana Volného Jan Kačer z Libníkovic, který byl následně uvězněn. Roku 1774 byly rozděleny některé pozemky od dvora mezi nové chalupníky, kteří se tu usadili. Když se stavěla josefovská pevnost na místě vesnice Plesu, dostali v roce 1782 4 její obyvatelé, jimž byl jejich majetek vyvlastněn, jako náhradu pozemky v Libníkovicích, kde se usadili. Již tehdy k Libníkovicím patřily Horní Pustiny, později přejmenované na Horní Černilov, a osada Borovice. Tehdy měla ves 30 domů a 99 obyvatel. Výnosem ze 13. prosince 1786 byly Libníkovice přifařeny ke kostelu ve Vysokém Újezdě, kde byla zřízena lokálie. Předtím byly přifařeny do Třebechovic pod Orebem. V roce 1788 byla ves přiškolena k nové škole v
Libranticích.
Roku 1849 se staly Libníkovice s Horním Černilovem a Borovicí samostatnou politickou obcí. Prvním obecním starostou byl zvolen dosavadní rychtář Josef Holeček. V červenci 1866 bylo do Libníkovic převezeno z Třebechovic pod Orebem 20 zraněných vojínů, aby se zde nadále léčili. V roce 1870 byla postavena silnice k Jílovicím. 1. prosince 1885 se popálil od žhavé plotny 2,5letý syn domkáře Václava Machače tak, že nedlouho poté zemřel. Roku 1886 byl založen SDH, postavena kůlna pro hasičskou stříkačku a obecní domek. V letech 1885-1886 byla postavena silnice z
Librantic do Libníkovic a v roce 1889 z Libníkovic do
Výravy. Téhož roku byla převzata okresem správa silnice z Libníkovic do Jeníkovic. V roce 1901 bylo zaznamenáno menší zemětřesení. 28. srpna 1904 se konal u Národní lípy tábor lidu kvůli drahotě a daňovému přetížení. Roku 1910 vznikla místní odbočka Hospodářského sdružení českých křesťanských zemědělců a o 2 roky později bylo založeno vodní družstvo. Z front 1. světové války se nevrátilo 5 místních mužů (Václav Dvořák, Karel Hejcman, Josef Kulhánek, Josef Lorenc, Jan Machač), z toho 1 zemřel v ruských legiích.
Roku 1919 se ustavila místní Skupina katolické mládeže. V roce 1921 byla schválena zemská subvence na provedení melioračních projektů místního vodního družstva. Roku 1923 byla zrušena sokolská pobočka, jejíž členstvo přestoupilo do sousední jednoty v Jeníkovicích. 17. dubna 1927 předstíral místní obchodník Antonín Nácovský, že byl vykraden, aby mohl zažádat o vyplacení vysoké pojistky. 26. února 1928 došlo k ustavení Spořitelního a záložního spolku, jehož prvním předsedou byl rolník Václav Šrámek. 4. července 1929 byla vyvrácena památná „Národní lípa“, v jejíž rozložité koruně bývala zřízena podlaha, na níž při výletech kolem lípy pořádaných mohlo koncertovat 30 hudebníků. Naposledy byla vyměněna spolu se schody roku 1914. První koncert byl pořádán při hasičské slavnosti 6. července 1890. 26. července 1929 proběhla pietní slavnost na rozloučenou s „Národní lípou“. 12. července 1930 byla otevřena místní rozhledna, která vznikla podle projektu Josefa Černého, stavebního a konstrukčního zámečníka z Třebechovic pod Orebem. Roku 1938 vzniklo Družstvo pro rozvod elektrické energie. V následujícím roce byla založena místní organizace Národního souručenství. Za německé okupace nosila obec pojmenování Libnikowitz. V roce 1945 byla ustavena místní skupina Jednotného svazu českých zemědělců. Roku 1957 vzniklo JZD, jež bylo 1. ledna 1974 připojeno k JZD
Librantice. 1. prosince 1970 byla otevřena nová prodejna potravin. O 4 roky později byla zahájena výstavba veřejného osvětlení. 1. května 1976 se stala obec součástí Černilova. Od 1. ledna 1992 jsou Libníkovice opět samostatnou obcí. V témže roce byla opravena rozhledna. Roku 1995 byl do obce zaveden vodovodní řád a v roce 2000 byla dokončena plynofikace obce. Roku 2004 prošla rozhledna celkovou opravou a byla nově natřena. V následujícím roce byla zrekonstruována budova obecního úřadu.
V Libníkovicích býval dubový kříž z roku 1878, který byl v roce 1908 nahrazen novým kamenným. Též na západní straně vsi stával dřevěný kříž, místo něhož byl téhož roku postaven rovněž kamenný kříž. Dřevěná sloupová zvonička byla zřízena v roce 1874 a nahradila svoji předchůdkyni z roku 1812. Ve 20. století byla nahrazena kovovou konstrukcí. Od 4. července 2002 do 3. ledna 2007 bývala památkově chráněná zděná zemědělská usedlost čp. 2, vystavěná v 19. století ve stylu lidového klasicismu a s na štítovém průčelí se nacházejícím nápisem: „L.P. 1872“. Kvůli její zchátralosti byla památková ochrana zrušena. Za zmínku stojí též roubený sroubek u čp. 19. Dříve byla v obci řada dřevěných stavení s lomenicemi s nápisy, např. na čp. 37 býval nápis z roku 1753 a na čp. 28 text z roku 1854. Pomník padlým v 1. světové válce pochází z roku 1921. Nejvýznamnějšími zdejšími rodáky jsou: učitel v Sadské Josef Holeček (* 27. března 1800 Libníkovice), opočenský řídící učitel Josef Volf (1858 Libníkovice - 1924 Opočno), římskokatolický kněz, ceremoniář a sekretář královéhradeckého biskupa Msgre. Píchy P. Josef Hájek (11. března 1904 Libníkovice - 11. května 1985 Hradec Králové) a příslušník čs. zahraniční armády na Západě Josef Hrubý (* 1. dubna 1922 Libníkovice). Za zmínku ještě stojí to, že místní rodák Václav Holeček z čp. 29 (* 6. září 1887 Libníkovice) měl již ve věku 12 let výšku 185 cm a hmotnost 88 kg, takže byl brán přímo za obra a hovořilo se o něm v celém širém okolí.