Tato lokalita byla osídlena již v období kultury se šňůrovou keramikou a slezskoplatěnické kultury. Název obce pravděpodobně vznikl ze jména Černotice nebo Črnotice, které zahrnovalo Horní i Dolní Černůtky, které kdysi tvořily jednu ves a později byly podle majitelů rozděleny. Zdrobnělina názvu je pravděpodobně následek rozdělení, a tím zmenšení obou vsí. Na počátku zdejší obce stála středověká tvrz, o níž nevíme jak jméno zakladatele, tak období, kdy byla založena. Podle opatovických mnichů (Augusta, Filiberta, Sixta, Marka a Řehoře Záruby z Hustířan) tu měli vládnout v letech 1128-1242 vladykové a rytířové Svantomír, Perard, Bořislav, Pakoslav, Častolar, Sukoslav a Předbor Leskovcové z Leskovic (později byli psaní jako z Lískovic), kteří pocházeli od Smidar. O těchto jménech se však dá pochybovat, protože většina listin okolo opatovického kláštera byla jak středověkými, tak novověkými falzy. První zmínka o obci pochází z roku 1143, kdy byla v majetku strahovského kláštera. Předbor Leskovec z Leskovic byl posledním majitelem Horních Černůtek. Jak se tato ves dostala opatovickému klášteru, to se do dnešních dob též nedochovalo, ale nejpravděpodobnější je odkaz nebo odprodej. V majetku tohoto kláštera zůstala ves až do jeho zániku v roce 1421, kdy byl vypálen a zbořen husity. Část vsi však náležela i jiným vlastníkům, protože roku 1395 prodal Rubín seděním na Třebnuševsi své dědiny v Černůtkách a v dalších svých vsích. V roce 1447 přiznal rytíř Vaněk z Těšína, že prodal Horní i Dolní Černůtky s tvrzemi, poplužními dvory a jiným příslušenstvím, jakož i své dědictví v Třebověticích, Svatoboru z Chvalkovic. Roku 1454 seděl na obou Černůtkách a Sendražicích Čeněk Sendraž ze Sendražic, který byl věrným přívržencem krále Jiřího z Poděbrad. V roce 1487 tu seděli jeho synové Jan starší a Jan mladší. Roku 1502 byl vlastníkem Černůtek Beneš I. Sendraž ze Sendražic, který prodal tvrz a ves Sendražice v roce 1512 Mikuláši Trčkovi z Lípy. Roku 1513 se rozdělili bratři Jan mladší a Mikuláš Sendražové ze Sendražic o otcovské dědictví tak, že každý obdržel jedny Černůtky, polovinu Máslojed a polovinu Vysoké. V roce 1528 prodal Jan mladší Sendraž svou polovinu s Černůtkami Vojtěchu z Pernštejna na Pardubicích a roku 1534 připadla tomuto vlastníkovi pardubického panství též Mikulášova polovina. Jan z Pernštejna odprodal Horní Černůtky Věnku Lipskému, po němž je držel v roce 1547 syn Jan Lipský z Lípy. Roku 1572 pojistil Jiří Záruba z Hustířan a na Třebověticích své manželce Anně z Loukonos věno na Horních Černůtkách a
Vrchovnici. Po Jiřím přešly Horní Černůtky na syna Jana Záruby, Václava Záruby z Hustířan, který v roce 1586 koupil přímský statek se vším příslušenstvím, čímž se Horní Černůtky dostaly k tomuto panství. Roku 1724 koupili jezuité v Horních Černůtkách od Ferdinanda Koziny svobodný dvůr, který již v roce 1665 byl svobodným a náležel k hořickému panství. Roku 1740 zde bylo 5 selských gruntů, 6 chalup a 1 výsadní krčma. V roce 1778 byl po zrušení jezuitského řádu rozprodán podle Raabova systému zdejší dvůr. Roku 1843 měla ves 27 domů a 149 obyvatel.
V roce 1849 se staly Horní Černůtky svobodnou politickou obcí. Do té doby náležely k přímskému alodiálnímu statku. V noci na 5. října 1883 shořel stoh píce Václava Škvrny. 22. října 1884 vyhořela stodola, kůlna a střecha obytného stavení obecního starosty Macháčka. 3. května 1891 vyhořely 3 usedlosti. 3. listopadu 1897 vypukl oheň ve stodole vdovy Anny Boučkové. Ohněm utrpěli zejména Jan Hypius, Jan Čapek a František Dušek, kteří měli ve stodole uloženo obilí, slámu, seno a jetelové semeno. Roku 1905 byla vybudována silnice Třebovětice - Horní Černůtky. V roce 1909 byla založena Hospodářsko-čtenářská beseda. Z front 1. světové války se nevrátili 2 místní muži (Jan Čapek, Václav Pour).
Roku 1923 vzniklo Hospodářské strojní družstvo pro rozvod a upotřebení elektrické síly v hospodářství. O 2 roky později byly zahájeny meliorace. V roce 1928 byla vybudována částečná kanalizace. 6. července 1928 byl odhalen na kopci nad Dolními Černůtkami památník M. Jana Husa, jenž byl vybudován společným nákladem 35 000 Kč obcí Horních a Dolních Černůtek, Hněvčevse, Třebovětic a Cerekvice nad Bystřicí (základní kámen byl položen 17. července 1927). 4. července 1929 nadělala řadu škod velká vichřice. Téhož roku byla vybudována nová okresní silnice ke Hněvčevsi. Roku 1929 byla zakoupena od bývalého Harrachovského cukrovaru v
Sadové mostní váha, jež byla umístěna při okresní silnici k Dolním Černůtkám. V roce 1932 došlo k rekonstrukci obecního rybníka a v obci se objevila slintavka a kulhavka. 19. července 1940 byl před usedlostí Václava Hrocha nalezen čeledín Josef Hušek s roztříštěnou lebkou. Hned od počátku bylo uvažováno o vraždě. Tento případ byl probírán snad ve všech tehdejších novinách. Jako důkaz budiž uveden článek Expresu z 24. ledna 1941:
„Za vraždu slíbila svou 9letou dcerku
Navedla 19letého milence k vraždě soka
rp. - Po dvou dnech líčení skončil před senátem krajského soudu v Jičíně proces s dvěma obžalovanými pro vraždu. Jsou to 19letý Štefan Michalovec a 38letá Emilie Hanzlová, svobodná matka tří nemanželských dětí. Oba sloužil na statku v Horních Černůtkách u Hořic. Sloužil tam ale také bývalý milenec Hanzlové, 30letý Josef Hušek. Hanzlová, když získala 19letého Michalce, nechtěla s Huškem již mluvit. Proto navedla Michalce, aby Huška odstranil. Odměnou mu slíbila svou 9letou dcerku, kterou prý až doroste, si může Michalec vzít. Mladík pak s ostře nabroušenou sekyrou počkal jednoho večera na Huška. Když pak Hušek vylezl po žebříku až k seníku, kopl ho Michalec do obličeje tak prudce, že nešťastný muž se zřítil na betonový mlat a roztříštil si lebku. Byl mrtev dříve, než Michalec mohl sekyry použít. Před soudem doznal mladý milenec, že chtěl opravdu Huška dotlouci, kdyby se nezabil. Oba pachatelé strašného zločinu byli odsouzeni. Michalec na 15 let a Hanzlová na 20 let těžkého žaláře.“
Roku 1947 byl zřízen skupinový vodovod a o 3 roky později bylo založeno JZD. V roce 1953 se rozešlo první JZD. V srpnu 1957 vzniklo nové JZD, které bylo 18. února 1961 připojeno k JZD
Sovětice. 14. června 1964 se stala obec součástí
Sovětic. O rok později byla vybudována nová betonová trafostanice. Roku 1985 byl vyčištěn obecní rybník a opravena jeho hráz. 12. dubna 2008 byl slavnostně otevřen kulturní dům, který vznikl na místě v roce 2006 zbouraného bývalého obecního skladu. Roku 2009 vznikl Klub přátel koní a turistiky. V roce 2010 došlo k úpravě návsi u kulturního domu do dnešního stavu. O 6 let později vzniklo sousedské divadlo HáČek, jehož režisérkou a vedoucí se stala Mgr. Emilie Zámečníková.
Ze zdejších pamětihodností je třeba zmínit: smírčí kříž u čp. 20 (podle pověsti zde jeden z předků rodiny Novotných nesl v roce 1766 těžkou břízu z lesa, v zahradě sklouznul a při pádu byl usmrcen těžkým dřevem, na místě úrazu pak měl být postaven onen kříž; jiné prameny hovoří, že uvedeného roku byl kříž pouze přemístěn a je mnohem staršího původu); kamenný kříž před čp. 27 z roku 1826; dřevěnou zvoničku z roku 2014, která nahradila předchozí kovovou konstrukci u kříže. Svého času, tj. od 22. ledna 1964 do 27. února 1990, měla obec svůj památkově chráněný objekt - roubenou polygonální stodolu u čp. 13 z roku 1721, která zanikla. Podobně dopadl smírčí kříž v lokalitě „Na obci“ při cestě ke Klenici, jenž měl vzniknout na místě, kde byl podle lidové tradice potlučen a ušlapán hřebcem jakýsi občan Macháček. Řada místních osobností se zapsala na okresní úrovni, např. statkář a funkcionář agrární strany Jaroslav Hypius, jenž byl do roku 1946 předsedou zdejšího elektrárenského družstva. Více o obci zde:
http://www.hornicernutky.cz.