Podle pověsti vzniklo Vysoké Chvojno v 9. století, když se zde při lovu ztratil kníže Bořivoj a ujal se ho místní uhlíř, jenž byl za to povýšen do šlechtického stavu a jeho prvním úkolem bylo vybudování lesní kaple jako poděkování knížete za svou záchranu. Dělníci museli nejprve vykácet část lesa a ze zbylého chvojí si měli zhotovit přístřešky. Na střechu kaple měl být umístěn plechový kohout, který svým kokrháním přivedl knížete k uhlířovi. Nedaleko ní pak měl vzniknout panský dvůr. Takže původ pojmenování obce máme hledat ve staročeském a dosud nářečním výrazu "chvojí", což je větvoví jehličnatých dřevin, alespoň podle prof. Antonína Profouse, i když někteří jiní autoři se zastávají teorie o tom, že tento název má být odvozeninou od bájného zakladatele Chvojena. První přímá písemná zmínka o Vysokém Chvojnu však pochází až z 9. dubna 1336, kdy král Jan Lucemburský zastavil tvrz a městečko Chvojno s vesnicemi Bělčí Horní a Dolní, Albrechticemi, Hoděšovicemi, Štěpánovskem se cly na Orlici, Ostřetínem, Ředicemi, Rovní a Holicemi vyšehradskému proboštovi Pertoltovi a Jindřichu a Janovi, bratřím z Lipé, za 2 000 kop grošů. Po nich nabyl Vysokého Chvojna Jindřich z Lichtenburka, jenž časem přebýval i na zdejší tvrzi. 7. března 1340 směnil chvojnovské zboží s farářem Mikulášem z Chvojna za 2 lány role v Čankovicích, které patřily k chvojenskému kostelu, a dal mu za ně 6 kop ročního platu v městečku Chvojně. Později držela Chvojno s ostatními vesnicemi holická větev pánů ze Šternberka, jež předtím seděla též na Chlumci. V letech 1358-1376 byl tak Jan ze Šternberka pánem na Chlumci i na Chvojně. Po něm tam seděli bratři Oldřich, Jan a Jaroslav, kteří raději přebývali v Holicích, a tak se začali později psát jako Holičtí ze Šternberka. Na Chvojně bydlíval zejména Jan, jenž byl v letech 1397-1415 pánem na Zaječicích. V roce 1408 se dělil o podací právo při chvojenském kostele se svými strýci Smilem a Alšem a jejich matkou Markétou, ale v Býšti byl roku 1413 samostatným pánem, protože toto zboží koupil ze svého měšce. Naposled byl připomínán 30. září 1415, kdy se s Jaroslavem ze Šternberka a 2 jinými zaručil za Petra ze Šternberka a jeho dluh, jímž byl povinen Perchtě z Kravař. V letech 1450 1465 držel po otci Zaječice a chvojenské zboží jiný Jan ze Šternberka. Někdy po něm připadlo Vysoké Chvojno k holickému panství. Jeho tvrz však mezitím zpustla a z městečka se stala pouhá ves. V roce 1481 zakoupil holické panství Neptalim z Frimburka a o 12 let později se stal jeho vlastníkem Hynek Tluksa Bradlecký z Mečkova, který ho prodal roku 1507 Vilému z Pernštejna, čímž bylo Vysoké Chvojno připojeno k pardubickému panství, v jehož rámci vydrželo až do roku 1849. Podle urbáře z roku 1588 náleželo Vysoké Chvojno k býšťské rychtě, mělo 23 lidí osedlých, podací kostelní, výsadní krčmu a odvádělo 25 slepic. V 17. století již byla na Vysokém Chvojně myslivna (v roce 1680 sešlá a nebezpečná), která vyhořela spolu s ostatními staveními při velkém požáru roku 1866. V její blízkosti měla stávat dřevěná chaloupka pro fořta a kůlna, kde se chovali ohaři. V roce 1711 byla na Chvojně opět zřízena fara. Prvním farářem byl P. Václav Louda. Roku 1737 byla založena zdejší škola, jež byla povýšena na farní v roce 1779. Ke Chvojnu byla přiškolena obec Poběžovice. Na místě zchátralé obecní školní budovy byla postavena roku 1831 nová jednotřídka, jež byla 1. září 1884 rozšířena o 2. třídu. V roce 1843 měla ves 46 domů a 372 obyvatel.
Roku 1849 se Vysoké Chvojno stalo samostatnou politickou obcí. Během prusko-rakouské války v roce 1866 sloužila zdejší škola jako vojenský lazaret. 3. října 1866 vyhořelo 56 selských hospodářství i se stodolami. Jen kostel, fara, škola a 15 domů bylo zachráněno. 19. září 1886 byl opatovickým vikářem P. J. Podhajským posvěcen nový hřbitov. V roce 1887 byla na Chvojno přeložena Hospodářská záložna chvojenecká. V letech 1887-1888 byla postavena nová škola. Téhož roku byla stará škola prodána. 1. února 1890 byl otevřen zdejší poštovní úřad. V září 1891 shořely střechy obytných stavení Jana Mandysa a Josefa Zimy, a to spolu se stodolami. 27. ledna 1892 byla Chvojnu povolena pošta a telegrafní úřad. V roce 1896 vznikla Čtenářsko-ochotnická jednota, jež se roku 1908 po změně stanov změnila na Vzdělávací hospodářskou besedu. V roce 1899 vznikla Spolková cihelna na Chvojně. O rok později měla ves 96 domů a 620 obyvatel. 15. června 1903 byla zřízena přespolní pošta pro
Chvojenec, Drahoš, Býšť a Hoděšovice. 3. září 1903 byl slavnostně předán zlatý záslužný kříž Josefu Horníkovi, spisovateli a lesnímu správci markraběte Pallaviciniho v Poběžovicích. 28. února 1906 vyhořelo stavení Jana Kamenického čp. 36 a 14. května téhož roku udeřil blesk do chalupy Františky Karlové. V roce 1906 se ustavil SDH a o 2 roky později Spořitelní a záložní spolek. Roku 1915 byla objevena na poště defraudace ve výši 600 K, kterou spáchal tamní poštmistr. 26. června 1917 vyhořelo 11 stavení. Z 1. světové války se nevrátilo 17 místních mužů.
V roce 1921 zanikla Hospodářsko-čtenářská beseda a v obci vznikla letní dětská zdravotní prázdninová kolonie. O 4 roky později vznikla místní organizace sociální demokracie. Roku 1927 se ustavilo Vodní družstvo. V roce 1931 vzniklo Lesní družstvo, k jehož likvidaci došlo roku 1959. Německá okupace, za níž nosila obec pojmenování Hoch-Chwojno, si vyžádala životy 10 zdejších obyvatel. V roce 1947 byl na zdejším hřbitově odhalen památník sovětským zajatcům. 2. ledna 1950 došlo na Zámečku k otevření politické školy KSČ. V roce 1952 bylo ustaven přípravný výbor JZD a Výbor žen. 6. března 1957 došlo k ustavení JZD. 30. června 1967 došlo ke slavnostnímu předání nové prodejny do užívání. V roce 1972 byla zahájena výstavba vodovodu a požární zbrojnice. Roku 1978 vznikl při MNV ochotnický soubor Chvojnovák. 15. prosince 1983 vyhořela fara. 1. září 1985 byla zrušena zdejší škola, jež byla obnovena v 90. letech 20. století a v roce 1998 opět zrušena. Roku 1992 došlo k opravě místního rozhlasu a v roce 2000 bylo zrekonstruováno telefonní vedení a napojeno na novou telefonní ústřednu v Holicích. V roce 2003 byly firmou Metherm Pardubice vybudovány inženýrské sítě v lokalitě u rybníka, kde byla posléze započata výstavba 11 rodinných domků. Téhož roku vznikl Klub důchodců. V roce 2004 bylo provedeno odbahnění Nebeského rybníka. Roku 2007 došlo k propojení skupinového vodovodu Vysoké Chvojno – Býšť se skupinovým vodovodem Pardubice. 2. září 2012 byla slavnostně otevřena soukromá MŠ Bublinka. V roce 2014 proběhla rekonstrukce technologie úpravny vody a oprava věžového vodojemu.
Nejvýznamnější zdejší pamětihodností je od 18. března 1964 památkově chráněný kostel sv. Gottharda, jenž byl zbořen za husitských válek, poté opět ze dřeva obnoven, ale protože zchátral, musel být zbořen a na jeho místě vyrostl v roce 1729 (podle jiných zdrojů roku 1733) podle plánů architekta Tomáše Haffeneckera nynější chrám. Dále jsou od téhož data památkově chráněny: fara s mansardovou střechou a dřevěnou pavlačí z roku 1781, která byla spolu s kostelem opravena v roce 1898, a socha sv. Jana Nepomuckého z roku 1739, jež byla obnovena v roce 1928. Dále je třeba ještě zmínit sochu Panny Marie z roku 1853, obnovenou o 40 let později, kamenný kříž na návsi z roku 1872 a pomník národní svobody z roku 1922. Zajímavá je rovněž místní příroda, např. přírodní rezervace Buky u Vysokého Chvojna (poprvé chráněna vlastníkem od roku 1884, 21. prosince 1933 byla prohlášena přírodní rezervací, jež byla znovu zřízena 22. srpna 2013) a 14. března 1955 vzniklá přírodní rezervace U parku (arboretum). Z Vysokého Chvojna pocházeli: lipoltický učitel Jan Bidlo (* 1806), býšťský a bělečský učitel František Brevis (* 1812), dřítečský učitel František Půhoný (* 1824), armádní důstojník a protifašistický bojovník Vladimír Eliáš (17. ledna 1903 Vysoké Chvojno - 8. května 1945 Pardubice) a obchodník a naivní malíř Karel Škrabálek (* 14. prosince 1913 Vysoké Chvojno), ale za zmínku stojí též to, že na Chvojně působil sekretář panství Jan Hemský, jenž byl nadšeným amatérským fotografem. Výraznými osobnostmi byli i chvojenští lesmistři, řídící učitelé a faráři, z nichž mnozí se zapsali na poli slávy v oblasti literatury nebo jiných uměleckých oborů.