Původní dřevěný kostel se samostatnou zvonicí je připomínán jako farní již ve 2. polovině 14. století, kdy podle popisu pražské diecéze z let 1344-1350 náležel pod hradišťský dekanát a boleslavský archidiakonát. V roce 1352 bylo odtud odváděno 18 grošů papežského desátku a podací právo měli páni na Kosti. O 5 let později se navíc činí zmínka o hradní kapli na Sobotce, k níž byl prezentován kněz Jan z Hlavna a kněz Jan nastoupil místo něj. Roku 1358 se stal kněz Jan náhradou za zemřelého plebána Jachka. O 2 roky později si plebán Jan směnil místo s knězem Gothardem z Přepeř. Ten zemřel v roce 1364 a místo něj byl podán kněz Matěj. Roku 1373 si směnil faru plebán Majnuš s knězem Petrem z Brodce. Po 3 letech si plebán Petr směnil místo s knězem Janem z Újezda. V roce 1383 došlo ke směně far mezi plebánem Janem a knězem Mikolášem z Lomnice. Roku 1392 nastoupil po zemřelém plebánu Petrovi kněz Jan z Nepřívěce. V roce 1405 byl podán na místo zemřelého plebána Jana kněz Václav z Libošovic, který byl v následujícím období zmíněn jako děkan v Mnichově Hradišti, který si roku 1411 směnil místo s knězem Martinem ze Všeně. V roce 1433 rezignoval plebán Václav a místo něj byl podán kněz Martin. O 2 roky později rezignoval i on a soboteckým plebánem se stal kněz Duchek.
V letech 1590-1596 byl na jeho místě postaven nový, který byl vybudován nákladem velkého katolického horlivce Oldřicha Felixe barona z Lobkovic. Když začala jeho stavba, byl malý a sešlý kostelík ponechán a kolem něj se kladly základy pro nový kostel, budovaly zdi a pilíře. Teprve před úplným dokončením byl starý kostel zbořen. Tím se zde mohly po celou dobu stavby konat služby Boží. Nový chrám byl vysvěcen 24. srpna 1596 arcibiskupem Zbyňkem Berkou z Dubé za P. Martina Smetanida, faráře na Branné, administrátora sobotecké fary i dekanátu krajů boleslavského a královéhradeckého. Zakladatel kostela následujícího roku přesunul slavnost jeho posvěcení – posvícení – z neděle po památce Všech Svatých na neděli po sv. Bartoloměji. Nový svatostánek byl od Oldřicha z Lobkovic obdarován a okrášlen mnoha oltářními obrazy, drahými mešními rouchy, kalichy a dalším vybavením. Naprostým unikátem se však stala jeho manželkou Alžbětou z Lobkovic darovaná stříbrná, částečně pozlacená pozdně gotická monstrance od zlatníka Tomáše Poláka z Malé Strany, kterou později vykoupilo město, a to rovnou třikrát, nejprve za švédských válek, podruhé v roce 1807 a potřetí roku 1810, kdy mělo být všechno zlato a stříbro odvedeno do státních pokladen. V roce 1604 Oldřich z Lobkovic navíc věnoval do věže velký zvon. Jeho nástupce Václav z Lobkovic daroval kostelu naopak iluminovaný graduál, bohatě zdobenou knihu liturgických zpěvů pro zdejší literáty, o jejichž založení se zasloužila roku 1629 Polyxena z Lobkovic. V roce 1705 byly odstraněny empory. V roce 1828 musela být snesena část hlavní věže, jež tak byla snížena na současnou úroveň. Zároveň byl upraven západní vchod a mansardová střecha kostela. 4. srpna 1885 se zřítila krásná gotická klenba nad chrámovou lodí a nad ní byl tak vybudován rovný dřevěný strop. 2. května 1898 navštívil kostel královéhradecký biskup Msgre. ThDr. Edvard Jan Nepomuk Brynych. V roce 1902 podal konzervátor prof. Tomáš Záklasník zprávu o tomto kostele Ústřední komisi pro zachování uměleckých a historických památek, podle níž byl styl kostela různými opravami a změnami velmi znešvařen. Přišlo se tak s návrhem, aby byla provedena oprava podle projektu zemřelého architekta Josefa Mockera. Zároveň byl podán vládě návrh na udělení státní subvence. V letech 1936-1940 byla obnovena klenba ze železobetonu. Jako památkově chráněný je objekt od 3. května 1958, nabytí právní moci však pochází teprve z 24. února 1964, kdy byl zapsán do státního seznamu kulturních památek (viz
https://www.pamatkovykatalog.cz/kostel-sv-mari-magdaleny-s-ohrazenim-hrbitova-2156369). 20. července 2013 byla památková ochrana rozšířena na ohradní zeď okolo kostela, přičemž rozhodnutí ministerstva kultury je datováno 28. červnem téhož roku.
Jedná se o orientovanou jednolodní stavbu s vysokou hranolovou věží na západě. Vchody do kostela jsou dva – hlavní ze západu a druhý ze severní strany hrotitým portálem. Při presbytáři se nacházejí křížovou klenbou zaklenuté obdélné přístavky se zkosenými východními rohy, v jejichž přízemí je situována sakristie a v patře oratoře. Po stranách lodi jsou rovněž stejnou klenbou sklenuté obdélné přístavky, v severním je předsíň, v jižním kaple. Sedmiboký presbytář s pěticí oken je vysoký a zaklenutý valenou klenbou s lunetami. Loď je od presbytáře oddělena hrotitým triumfálním obloukem, sklenuta novodobou valenou klenbou s lunetami a osvětlena 4 páry oken. Zděná kruchta se nachází na 3 polích křížové klenby při západní stěně lodi. Ve středním poli je půlkruhově zaklenutý průchod do podvěžního prostoru, ze severní strany je připojeno šnekové schodiště se vchodem z vnější strany vedoucí na kruchtu. Hranolová věž má nad hřebenem střechy kostela korunní římsu, nad níž je slepý arkádový ochoz o 3 polích na každé straně, ve středním poli byl umístěn ciferník věžních hodin. Její střechu tvoří čtyřboký jehlan, je tudíž mansardová. Naopak střecha kostela je sedlová s valbou, přičemž nad středním polem lodi je situován osmiboký sanktusník s lucernou a makovicí.
Interiér chrámu je vyveden v pozdně barokním stylu a pochází z dílny sochařů Jelínků z Kosmonos. Obraz sv. Maří Magdaleny na hlavním oltáři je připisován J. P. Molitorovi a datován kolem roku 1752. Po jeho stranách stojí sochy sv. Václava a sv. Anny. Interiér kostela zdobí také kazatelna se sochami čtyř evangelistů, Krista Vítězného a reliéfem Posledního soudu od J. Jelínka ze stejné doby. Současné rokokové varhany od Johanna Christopha Standfusse pocházejí z roku 1748, ale nástrojů se zde vystřídalo v historii stavby více. První varhany z roku 1581 byly v roce 1751 přeneseny do kostela sv. Jiljí v Markvarticích. Roku 1630 byl postaven nový nástroj, jenž byl opraven v letech 1644, 1645, 16481650 a 1652. V letech 1657-1659 vytvořil další varhany Hieronymus Artmann z Malé Strany. Ty byly rovněž mnohokrát opraveny a renovovány (1661, 1678, 1732, 1733 a 1742). Další náhrada byla pořízena v letech 1734-1735 od Jana Jakuba Richtera a Franze Filipa Wandera, jež byla opravena v letech 1742 a 1769. Varhany z roku 1748 byly opraveny v letech 1752, 1760, 1769, 1776, 1809, 1824, 1826, 1844, 1852, 1879, 1881 a 1886. V letech 1937-1938 došlo k vestavbě nového nástroje do staré skříně, což provedl Josef Ženatý z Lomnice nad Popelkou. Ten mu rovněž v roce 1940 přestavěl registraturu na mechanickou. K opětovné vestavbě nového nástroje došlo roku 1996 (Bohumil Žloutek, Jan Kubát; viz
https://www.varhany.net/cardheader.php?lok=2877). Na stěně presbytáře je umístěna trojice náhrobků lobkovických dětí z let 1581, 1596, jež se staly inspirací sochaře Otto Guttfreunda při tvorbě sousoší Babička s vnoučaty v Babiččině údolí. V kryptě pod kostelem je pohřbena významná část rodu Netolických.
Ve věži se původně nacházela trojice zvonů – největší z roku 1604 od Baltazara Hofmana na Slovanech v Novém Městě Pražském, prostřední z roku 1864 od Karla Bellmanna v Praze a nejmenší od zvonaře Petra z roku 1561. Během 1. světové války zůstal na věži pouze největší zvon, zasvěcený sv. Maří Magdaleně. První nový zvon, pojmenovaný „Ke cti Nejsvětějšího Srdce Páně“ s vyobrazením Ježíše Krista byl posvěcen 17. října 1937, vážil 750 kg a nesl text: „NA PAMÁTKU RODIČŮ ANTONÍNA A BARBORY GROOVÝCH VDĚČNÝ SYN HYNEK. ULIL RUDOLF PERNER V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH R. 1937.“ Další zvon – sv. Václav – byl posvěcen 6. srpna 1939, vážil 400 kg a nesl nápis: „SVATÝ VÁCLAVE, VÉVODO ZEMĚ ČESKÉ, NEDEJ ZAHYNOUTI NÁM NI BUDOUCÍM! MNE OBĚTAVOST STVOŘILA V ZLÝ ČAS, BY LID MDLÝ BURCOVAL MŮJ HLAS!“ V roce 1941 byly oba zrekvírovány k německým válečným účelům a stejný osud měla i dvojice ze sanktusové věžičky o hmotnosti 42,5 kg a 25 kg. Zůstal tu tak opět jen jediný zvon – lobkovický z roku 1604, jemuž v letošním roce prasklo srdce.