Stejně jako jinde, kde stával chrám Páně, tak se původní pohřebiště nacházelo u něj. Ale jak to tak bývá, časem přestalo kapacitně i z hygienických důvodů stačit, a tak bylo rozhodnuto o tom, že bude zřízen nový hřbitov.
K tomu došlo v roce 1899 za starosty Jana Prokopa z čp. 59 a téhož roku byl uzavřen původní hřbitov u kostela. Jeho zeď však byla zbourána až v únoru až dubnu 1959 v rámci úpravy veřejného prostranství. O rok později z něj byly odstraněny staré pomníky a náhrobky. Samo nové pohřebiště bylo vysvěceno 29. června 1899 děkanem P. Ferdinandem Hanouskem, ale pouze jeho římskokatolická část. Zajímavostí totiž je, že hřbitov byl hned od počátku rozdělen drátěným plotem na 2 části, a to podle víry nebožtíků. Evangelická část, kterou můžeme poznat podle toho, že je ozdobená pyramidou s kalichem, byla odevzdána svému účelu téhož dne za přítomnosti faráře černilovského, klášterského a třebechovického. Aby nedošlo k nějakým násilnostem, byla při obou obřadech přítomna pětice třebechovických četníků. Takto se tedy stavěl obecní hřbitov! Stejný spor následoval nedlouho poté, když si místní evangelíci pořídili roku 1901 vlastní zvonek, a to nákladem 360 K. Teprve po velkých hádkách s místními římskými katolíky si jej zavěsili na svém starém tolerančním hřbitůvku vedle katolického kostela. Dlouho zde však nevydržel, protože 24. června 1917 byl zrekvírován k válečným potřebám.
O náboženské nesnášenlivosti ohledně vybudování obecního hřbitova a jeho dělení přineslo zprávu dokonce „Právo lidu“ z 19. srpna 1899, když kritizovalo tuto konfesijní netoleranci, natož když šlo o spoluobčany z jedné obce: „Nesnášenlivost klerikálů sahá až za hrob. Ve včerejším čísle jsme po zásluze odbyli jezovitství pražského klerikálního orgánu, který naříkal nad „nesnášenlivostí“ sociálnědemokratickou jen proto, že organisovaní dělníci nechtějí v dílně trpěti dělníka neorganisovaného. Dnes ale jezovitům z „Kat. Listů“ předvedeme jiný obrázek a sice nesnášenlivosti, s níž se člověk jiného náboženského přesvědčení pronásleduje až za hrob. Známým zjevem je přece, že katoličtí duchovní nechtějí přijímati mrtvoly jinověrců na hřbitov katolický a ježto je zákon k tomu donucuje, že je dávají aspoň na místa zvláštní, drátem nebo plotem pečlivě ohrazená. Leckde i na obecních hřbitovech hledí osíci podobného opatření pro jinověrce a žel, leckde neuvědomělé občanstvo je nesnášelivému fanatickému knězi po vůli. K jakým ale až absurdnostem vede tato nesnášenlivost klerikálů, to objasní následující událost, kterou vyjímáme z královéhradecké „Osvěty Lidu“. List jmenovaný píše: „Nedávno přinesli jsme zprávu z
Jeníkovic u Třebechovic, kterak tam obecní hřbitov rozdělili na část katolickou a evangelickou a mezi obě postavili zeď. Dnes můžeme posloužiti dalším dokladem, přímo neuvěřitelným, co dovede udělati klerikální fanatismus a nesnášelivost. V týchž
Jeníkovicích porodila manželka zedníka Lukáška dvojčata. Jedno přišlo na svět mrtvo, druhé sotva jen stačila porodní bába pokřtíti a zemřelo také. A věřili byste, že ani tato ubohá, nevinná robátka nesměla býti pochována pohromadě? Pokřtěné dítko mělo býti pohřbeno na hřbitov katolický, mrtvě narozené na zvláštní drátem oddělené místo, kde se pochovávají samovrahové. Samému prostému otci jejich zdálo se to býti přes příliš, i dal tajně obě dítky do jedné rakvičky a na místo drátem oddělené dal pochovati – rakvičku prázdnou.“ Případ tento je tak výmluvným dokladem bezmezné nesnášenlivosti klerikální, že je každé další slovo o tom úplně zbytečným. A tací lidé chtějí pak druhým mluvit o snášelivost. Není to k smíchu - -?“
„Osvětě lidu“ a dalším periodikům kontrovala „Obnova“, jež vyšla 30. června 1899: „Osvěta lidu“ tupí pana starostu a katolické občany v Jenikovicích, že si dali posvětiti sv. kříž a polovici obecního hřbitova pro pochovávání katolíků určenou; totéž se nelíbí ovšem evangelíkům a proto prý měl zůstati hřbitov vůbec nevysvěcen. Že by někde většinou evangelická zastupitelstva, která z pravidla zastupují jen třetinu neb čtvrtinu veškerého obyvatelstva, dbala oprávněných přání katolické většiny v obci, toho jsme vůbec neslyšeli a katolíci velimští i jinde by o tom mohli vypravovati celé kroniky. V Jenikovicích nestala se však evangelíkům pražádná křivda. Dle úředního sčítání lidu žije v Jenikovicích mezi 918 obyvately pouze 171 evangelíků, tedy ani ne pátý díl, a dle katalogu diecesního z roku lonského žije jich tam pouze 164, tedy pouze něco více než šestina veškerého obyvatelstva. Katolíci mohli dáti tedy evangelíkům dle práva a spravedlnosti pouze asi šestý díl hřbitovní výměry, oni však evangelíkům k vůli udržení dobré vůle dali hned třikrát tolik, než-li co jim dle práva patří. Jest-li nepatrná evangelická menšina uspořádala katolíkům truc-slavnosť, tedy tím nejméně posloužila sobě. Co se týče protikatolické „Osvěty lidu“, ta jest nejméně povolanou k tomu udělovati libnikovickým katolíkům lekci, co mají učiniti se svým hřbitovem. Jak známo vylíhl se v téže Osvětě lidu asi před 3 lety plán, aby lidskými těly a hnáty hnojily se pole. Pak-li se katolíci libnikovičtí dali vysvětit svou část hřbitova, tedy chtěli patrně po způsobu zbožných svých předků býti na posvátném poli pochováni a před zneuctěním svého popele chráněni pro ten případ, až by třeba od Stěžer začal se v „Osvětě lidu“ zase bučet podobný nesmysl.“
K tomu je nutno ještě dodat to, že každá z těchto částí mívala vlastního hrobníka. Posledním hrobníkem v katolické části byl Jan Bajer a v evangelické Václav Vitík, který si sám pro sebe dopředu zhotovil hrobku. Později byl již jen jeden společný. Jako další zajímavost, jež se hřbitova dotýká, je pohřeb statkáře a majitele kruhových cihelen Josefa Ludvíka, který zemřel 12. března 1902. Tento předseda kostelního komité byl prvním, jehož pohřeb byl z nově postaveného kostela vypraven, přičemž jeho otec Jan Ludvík byl naopak posledním, jehož pohřeb se uskutečnil ze starého kostela. Kromě něj je na hřbitově pohřben např. vrchní četnický strážmistr Rudolf Lukášek, který byl zastřelen u Šútova na Slovensku 22. července 1933.
Velká péče byla hřbitovu věnována až ve 2. polovině 20. století. V roce 1967 došlo k vykopání lip u kříže na katolické straně a u kalicha na evangelické straně, aby nevadily těmto pomníkům. Zbytek hřbitovního lipoví byl seřezán udržovacím řezem. Téhož roku byla natřena obě vstupní vrata. O rok později byla na hřbitově zřízena lavička a došlo k vyasfaltování cesty ke hřbitovu. V roce 1969 bylo provedeno očíslování hrobů plechovými čísly. Roku 1971 byla nově nahozena a nabílena márnice spolu s vnitřní stranou hřbitovního plotu. Márnice od té doby začala sloužit jako kaple. O 5 let později byla opět opravena hřbitovní zeď. V roce 1981 byl hrobařem na obou hřbitovech Ladislav Souček. Roku 1994 byla opravena silnice k hřbitovu a márnice. V roce 2002 byla dokončena rekonstrukce vrat, o 2 roky později oprava hřbitovní zdi a další rekonstrukční práce na pohřebišti stále probíhají, takže je ozdobou obce a dnes již nic nepřipomíná řevnivost těch, kteří ho zakládali a nemohli se dohodnout.