Toto návrší s celým okolím bylo osídleno nejspíše v mladší době kamenné. Nálezy z doby bronzové byly objeveny při rozšiřování zdejšího hřbitova. Jednalo se o několik koster a zlomky bronzových esovitých záušnic. Jedna z koster měla navíc držet železný hrot. Zřejmě šlo o pozůstatky polykulturního naleziště. Naopak ve farní zahradě byly nalezeny pozůstatky z doby hradištní. První zmínka o osadě však pochází teprve z roku 1355, kdy se ještě nazývala jako Chotěbořice (v roce 1355 Chotiborzycz, v letech 1369-1405 Chotieborzicz, roku 1790 Chotieborek/Chotieboržicze, v roce 1836 Chotieborek, roku 1854 Chotěborky). Toto pojmenování by mělo znamenat, že šlo o ves lidí Chotěborových, alespoň podle prof. Antonína Profouse. Ze tří stran je toto návrší obklopeno lesy nebo jejich pozůstatky – na východní straně jsou lesy „Vápenka“, na jihu zádušní les „Na Farách“ a na západní straně lesy „Borový“, „Jalovčí“ a „Dubý“. Podle jedné z pověstí bylo jméno osady odvozeno právě od nich, protože před dávnými časy se v nich ztratila manželka kukského knížete Šporka a když ji bezradnou u studánky našel jeden příslušník manželovy družiny, zeptal se jí: „A kde jste, milá kněžno, zabloudila? Čí jsou tyto lesy?“ A kněžna mu odpověděla: „To jsou mého chotě – bory.“ Kníže Špork zde pak obnovil kapli na památku této záchrany a od té doby nese osada jméno Chotěborky.
K vřešťovskému zboží nenáležela od dávných dob pouze ves, ale jeho vlastníci měli rovněž podací kostelní. V roce 1348 Vojek z Vřešťova a Albert, syn Rubína z Rýzmburka, založili oltář a kapli při zdejším kostele. V letech 1360-1370 se Luchanda, jinak Luchna, manželka Rubína z Rýzmburku, uvádí jako paní na Vřešťově a Chotěborkách. Za husitských válek zanikla místní fara. Roku 1597 byl dosazen jako první kněz po dlouhém období bez faráře Jakob Bistřický. V roce 1675 zakoupil vřešťovské zboží s Chotěborkami od dědiců po Linhartovi Leixovi z Leuxensteinu Jan hrabě ze Šporku, čímž se Chotěborky staly součástí hoříněvského panství. 6. července 1691 koupil grunt čp. 3 Jakub Dušek. 26. června 1694 koupil od vrchnosti výsadní krčmu čp. 4 Václav Severa. Roku 1724 bylo zřízeno školní vyučování v chalupě čp. 2, jež náležela Janu Ulíkovi, který byl v letech 1724-1762 zároveň učitelem, po němž zde působili: Jan Ulík (1762-1799), František Ulík (1799 1820) a Jan Ulík (1820-1857). Zde se vyučovalo až do roku 1793, kdy byla vybudována dřevěná škola na místě té nynější. Původní povolení ke stavbě však bylo dáno Michaelem hrabětem ze Šporku již v roce 1724. Roku 1725 došlo k obnovení zdejší fary. Zdejším prvofarářem se stal P. Matěj Josef Žiška (1725-1728). O rok později tu působil nechvalně známý jezuitský misionář P. Antonín Koniáš. V roce 1790 se dostaly Chotěborky spolu s hoříněvským panstvím součástí smiřického panství. Roku 1817 Václav Klement Dušek prodal dům čp. 3 Karlu Machkovi za 2 985 zlatých 4 1/3 krejcaru a odstěhoval se do Velkého Vřešťova. V roce 1841 bylo na Chotěborkách 43 obyvatel, kteří žili v 6 staveních (3 byli Židé). Do zrušení poddanství a zavedení prozatímního zřízení obecního byly Chotěborky součástí panství Smiřice a Hoříněves.
Roku 1849 se staly Chotěborky součástí
Vilantic. 21. července 1850 proběhla ve zdejším kostele přísaha nově zvolených představených obcí
Vilantic, Hustířan a Lužan, a to za přítomnosti podkrajského komisaře Antonína Quadrata. 3. července 1866 se zastavil na Chotěborkách pruský korunní princ Bedřich Vilém. Roku 1873 bylo vystavěno stavení čp. 8, v němž si Šalomoun a Barbora Frankenbuschovi zřídili obchod a výčep lihovin. V roce 1874 se vystěhovala do Ruska rodina Prostředníkova z čp. 4. Roku 1876 byl postaven díky faráři P. Baltazaru Bublovi nový hlavní oltář, který vyšel na 1 700 zlatých. V letech 1876-1877 byly na prostranství před školou a farou vysázeny ořešáky. Předtím tu bývaly topoly. Zde se každoročně 15. srpna konala hlučná pouť. 10. června 1885 zahájil jaroměřský stavitel František Hellman stavbu školy, kterou dokončil 18. října téhož roku. Vyučovat se v ní začalo 12. listopadu 1885. O 4 roky později se na Chotěborkách začal tvořit místní odbor Národní jednoty severočeské. V roce 1892 byl rozšířen zdejší hřbitov (kupní smlouva mezi kolaturními obcemi a farou pochází ze 17. června 1892) a o rok později zbourána kostnice. 3. července 1894 byl založen Spolek divadelních ochotníků „Tyl“ v Chotěborkách. 20. srpna 1899 se uskutečnila ustavující valná hromada Spořitelního a záložního spolku pro Chotěborky a okolí, jehož prvním starostou se stal Josef Zemek z
Vilantic. V listopadu 1899 proběhla v osadě protižidovská demonstrace, kterou vedl Jan Černý z
Vilantic. Za to byl odsouzen k půlročnímu vězení. 10. dubna 1907 zemřeli během 5 minut kostelník Jan Borčický a jeho manželka Anna. 29. dubna 1907 navštíil osadu královéhradecký biskup Mons. ThDr. Josef Doubrava. V témže čase sužovala osadu častá vloupání, jimiž byli nejvíce postiženi: řezník Adolf Šedivka, hostinský Josef Fink, krejčí Pavel Ambera a rolník František Zemek, ale nakonec došlo i na samotný místní kostel. V roce 1918 proběhla rekvizice 3 kostelních zvonů, takže zde zůstal pouze zvon z roku 1576. Z front 1. světové války se nevrátil 1 místní muž (František Josef Novotný).
Roku 1919 byla do hostince Františka Zemka umístěna spolková místnost vilantické TJ Sokol. 28. března 1921 se před školou uskutečnily první bohoslužby Církve československé, další se uskutečnili jinde v přírodě. Místní římští katolíci je vítali třeba tak, že dráždili své psy a slovně napadali věřící této nové církve. V témže roce zde žilo 43 obyvatel v 9 domech. Roku 1928 byly pořízeny do kostela nové zvony. K jejich posvěcení došlo 1. července 1928. V roce 1929 byl postaven elektrický transformátor a do osady zaveden elektrický proud. 21. února 1934 byla vilantickým obecním zastupitelstvem povolena přes Chotěborky vedoucí značkovaná turistická stezka z Lázní Velichovek do Hořic, která byla pojmenována jako „Stezka Růdlova“. Za německé okupace nesla osada pojmenování Klein-Chotiebor. 13. května 1951 byla na Duškově rodném domě zasazena pamětní deska s textem: „Zde se narodil 8. XII. 1731 český skladatel F. X. Dušek, otec českého klavírního umění, přítel Mozartův.“ Roku 1982 byl zrestaurován sloup se sochou sv. Jana Nepomuckého. V roce 1995 se uskutečnil 1. ročník hudebního festivalu "Hudební léto v Chotěborkách". V dubnu 1997 bylo provedeno vloupání do kostela. K 1. lednu 2005 byly Chotěborky vyhlášeny vesnickou památkovou zónou (vyhláška ministerstva kultury byla vydána 24. června 2004). V květnu 2005 došlo k vloupání do fary.
Mezi místní pamětihodnosti náleží: od 10. března 1964 památkově chráněný kostel Nanebevzetí Panny Marie, poprvé připomínaný v roce 1348 a zbarokizovaný před rokem 1738; od 10. března 1964 památkově chráněná dřevěná zvonice ze 16. století; od 10. března 1964 památkově chráněný sloup se sochou sv. Jana Nepomuckého z roku 1723 (některé zdroje uvádějí rok 1730) z dílny bratří Pacáků; od 10. března 1964 památkově chráněné stavení čp. 3 z 19. století; barokní kamenný portál v obvodní zdi hřbitova, který má nad vchodem na hřbitov polychromovaný reliéf Nanebevzetí Panny Marie z roku 1740, jenž byl zrestaurován v letech 2011-2012; kříž vedle hřbitova, jenž byl znovuzřízen v roce 1826; od 6. června 2018 (prohlášení vydáno 11. května 2018) památkově chráněný dům čp. 4 z roku 1891 a socha Ježíše Krista proti hřbitovu. Nejvýznamnějšími zdejšími rodáky jsou: lesnický spisovatel a vrchní lesní v Uhrách František de Paula Dušek (* 12. ledna 1769 Chotěborky); hudební skladatel, cembalista a klavírista František Xaver Dušek (8. prosince 1731 Chotěborky - 12. února 1799 Praha) a sendražický učitel Jan Dušek (* 1827 Chotěborky).