Podle lidové tradice se v těchto místech na temeni zalesněných Kaňkových hor nacházela dubina, jež měla náležet jakémusi Jakubovi čili Kubíkovi, což nalezneme i v díle prof. Antonína Profouse "Místní jména v Čechách. Jejich vznik, původní význam a změny. II. díl. CH-L":
"Kubíkovy Duby (v Kubíkových Dubech, z Kubíkových Dubů, adj. lid. kubíkdubskej), ves v Železných horách (m. o. Třemošnice) 16 km jv. od Čáslavě: 1787 Hft Tržemoschnitz: Kubikowy Duby von 12 N., Schaller VI, 100; 1843 Kubikduby, Sommer XI, 307.
Kubík bylo pův. demin. jména Kuba (z Jakub) a časem se z něho stalo příjmení: 1499 Kubíkem pekařem, KolB. 135b. Osada byla založena u dubů, jež náležely Kubíkovi, a podle nich byla i pojmenována."
K tomu nalezneme ještě malou zmínku v knize "Místní jména v Čechách. Jejich vznik, původní význam a změny. V. díl. Dodatky": "Kubíkovy Duby. Doplnit: 1720 Kubíkovský (dvůr), Müller. Doskočil 775."
Vzhledem k tomu, že se u Kubíkových Dubů nachází dřívější poplužní dvůr Skalka (v roce 1578 vzpomenuta jako ves), samoty Lhotka a hospoda Křížovka, jež mají podobný původ, tak můžeme uvažovat o tom, že i Kubíkovy Duby byly původně vrchnostenským dvorem, jehož likvidací a rozprodejem vznikla tato osada, přičemž tato místa náležela nejprve k lichnickému a posléze k třemošnickému panství, s nímž se stala součástí ronovského panství. Ze zprávy o vizitaci far kraje Čáslavského od královéhradeckého biskupa Msgre. Jana Leopolda Haye z roku 1783 víme, že zde tehdy žilo 122 katolíků.
V roce 1849 se Kubíkovy Duby staly součástí Třemošnice, ale farou náležely vždy k Běstvině. Roku 1885 měla osada 18 domů, 221 obyvatel a fungoval zde jediný samostatný obchodní a průmyslový závod, jímž byl zdejší hostinec, který v roce 1903 vedla Marie Střížková. Roku 1890 měla osada 18 domů a 215 obyvatel. Svého času se dostala osada do povědomí v souvislosti s projektem železniční trati ze Závratce-Třemošnice do Chotěboře, neboť zde mělo vzniknout nákladiště a osobní zastávka (nejprve vedeno pod názvem Skalka, později přejmenováno na Kubíkovy Duby). Vše však nakonec zůstalo pouze na papíře. V roce 1900 vstoupili místní hospodáři do nově vzniklé běstvinské kampeličky. O 3 roky později byla zdejší obcí podána do parlamentu petice za úpravu platů nižšího římskokatolického duchovenstva. V únoru 1909 umrzl u dvora Skalky opilý 50letý čeledín Antonín Janáček. 7. června 1910 byla osada postižena velkým krupobitím. Téhož roku měla osada 20 domů a 177 obyvatel. Z front 1. světové války se nevrátili 3 místní muži (Bohumil Bittmar, Josef Dostál, František Sekera).
Roku 1934 bylo zřízeno zdejší turistické značení. Za německé okupace nosila osada pojmenování Kubikseichen a jejího položení užívali k úkrytu různí uprchlíci a protifašističtí bojovníci. 21. listopadu 1990 byl zřízen chráněný přírodní výtvor Kaňkovy hory, z něhož se 1. února 2016 stala stejnojmenná národní přírodní památka. Jinak se osada příliš do historie nezapsala, pokud nepočítáme zdejší motokrosovou trať, na níž se v roce 1999 jel poprvé v naší republice závod evropského šampionátu amatérů IMBA v motokrosu, případně v letech 1991-2009 fungující skládku tuhého domovního odpadu, jejíž rekultivace proběhla roku 2015 (poprvé na sebe upozornila v srpnu 1991, kdy došlo k takovému jejímu vzplanutí, že byla k 31. srpnu téhož roku havarijně uzavřena). 9. června 1999 bylo založeno Občanské sdružení Kubíkovy Duby.
Ze zdejších pamětihodností musíme vyzdvihnout dvojici litinových křížů na kamenném soklu, jeden u dubu mezi lokalitou "V Dolikách" a osadou, druhý proti domu čp. 9. Pocházejí někdy z přelomu 18. a 19. století, protože ještě v I. vojenském mapování z let 1764-1768 a jeho rektifikaci z let 1780-1783 nebyly zaznamenány (viz
http://oldmaps.geolab.cz/map_viewer.pl?lang=cs&map_root=1vm&map_region=ce&map_list=c165), ale již ve II. vojenském mapování z let 1836-1852 je zde nalezneme. Jádro několikrát upraveného domu čp. 9 pochází z přelomu 18. a 19. století, původní dům čp. 11 pocházel před svými přestavbami z roku 1721, myslivna čp. 25 "U Skalky" získala svou dnešní podobu počátkem 20. století. Nejznámějšími místními rodáky jsou: protinacistický bojovník Josef Skokan (27. března 1910 Kubíkovy Duby - 4. listopadu 1944 Praha-Pankrác), který byl chycen při pokusu opustit protektorát a následně byl popraven, a příslušník čs. armády zahraniční armády na západě František Mazura (* 8. dubna 1919 Kubíkovy Duby). Bedřich Henych naopak v roce 1931 složil na pražské Husově fakultě bohosloveckou odbornou zkoušku a nabyl hodnosti bakaláře bohosloví, aby následně působil jako českobratrský evangelický vikář ve Sloupnici a od roku 1932 nejprve jako vikář a následně jako farář v Hořicích a výpomocný učitel na tamním státním reálném gymnáziu. Protikladem předem zmíněné trojice byl po celém Ronovsku a Třemošnicku známý tulák a zloděj Jan Hrušička, jenž v roce 1915 ukradl ve zdejší hospodě slepice a peřiny v hodnotě 80 K, přičemž v té době měl již za sebou 9 let těžkého žaláře za různá vloupání a krádeže. O osadě je známé, že zde nějaký čas maloval Jindřich Prucha. Píše se o tom, že jedním z výsledků jeho práce se stal obrázek "Chalupy na Kubíkových Dubech", ale o něm není nic známo. Jeho zdejší atelier byl odsud převezen do chotěbořského muzea kvůli vybudování pamětní síně Jindřicha Průchy, otevřené v roce 1976. Kubíkovy Duby se mihly též v několika literárních dílech, např. v knize "Kačenka markytánka. Historický obraz" od Josefa Chetha Novotného (pod pseudonymem Kuzma).