První zmínku o zdejší plebánii nalezneme v popisu pražské diecéze, který byl zhotoven v letech 1344-1350 na pokyn pražského arcibiskupa Arnošta z Pardubic. Tehdy Mšeno náleželo pod kamenecký dekanát a boleslavský archidiakonát, ale traduje se, že byl připomínaný již v 11. století (podle Bohuslava Balbína byla na jeho místě kaple sv. Václava, jež měla vzniknout již roku 1080, k níž byl pak přistavěn kostel sv. Martina a z původní kaple se stal presbytář). V roce 1352 bylo odtud odváděno půl kopy grošů papežského desátku. Prvního místního plebána po jméně pak známe z roku 1359, tehdy jím byl kněz Albert a zdejší podací náleželo bezdězské vrchnosti. V roce 1368 si směnil faru plebán Hynek s Bohunkem z Hořic a roku 1375 plebán Jan se staroboleslavským oltářníkem Mauricem. V roce 1388 Chvalík ze Mšena věnoval kostelu 2 kopy úroku na výročí, jež koupil od Hrdoně z Nosálova, jinak z Řepnic. Roku 1390 koupil chorušický plebán Petr od mšenského měšťana půl kopy úroku a o rok později ji postoupil mšenskému plebánovi Václavu pro kapli sv. Václava. Po smrti zmíněného plebána byl roku 1410 podán králem na jeho místo kněz Michael, o němž víme ještě v roce 1413, kdy Ješek Chmelík z Újezda založil oltář Panny Marie a sv. apoštolů, jehož nadání činilo 8 kop úroku ze Stránky, přičemž k věnování došlo již roku 1405. V roce 1416 věnoval Petr ze Mšena 1 kopu úroku, aby plebán nebo jeho vikář v kostelní kapli sv. Václava každý týden sloužil mši svatou. Po ukončení husitských bouří ovládli zdejší faru utrakvisté a posledním evangelickým knězem ve Mšeně byl Abraham Herman, po jehož odchodu v roce 1627 zdejší fara osiřela a jejím správcem se stal bělský farář P. Jan Petr Parvus. Když Švédové vypálili Bělou pod Bezdězem, přestěhoval se tamní farář do Mšena a strávil zde 37 let. 12. dubna 1670 kostel se samostatnou dřevěnou zvonicí a 4 zvony vyhořel a vystavěn byl znovu mistrem zednickým Kristianem Ditrichem z Doks a tesařem Johanesem Kragsingerem z Prahy v letech 1696-1698, kdy byla pořízena do nově vybudované věže (dokončené 10. dubna téhož roku) také nová trojice zvonů jako náhrada předchozích rozlitých. 5. července 1770 se zde uskutečnila první misie, jejímž výsledkem byla výstavba nového kříže u kostela. 24. července 1789 byl vysvěcen nový hřbitov, čímž byl definitivně zrušen ten dosavadní u kostela. V roce 1811 došlo k vybílení chrámu Páně, zrestaurování a opravě hlavního oltáře, kazatelny a varhan. Celkem vyšla na 5 538 zlatých a 20 krejcarů, z čehož 500 zlatých poskytl hrabě Kounic a zbytek uhradili mšenští obyvatelé a přifařené obce. 26. srpna 1866 se konaly v kostele jak evangelické, tak katolické mše, protože pruské vojsko sestávalo z obou křesťanských směrů. Další požár pak přišel v roce 1867, kdy došlo k opětovnému rozlití zvonů - trojice velkých a trojice malých. Současný kostel byl vybudován až v letech 1876-1878 pražským stavitelem Josefem Kaurou, přičemž 25. dubna 1876 byl vydán c. k. okresním hejtmanstvím v Mělníku výnos o veřejné dražbě na stavbu kostela s předběžným nákladem 45 053 zlatých a 25 krejcarů, 15. října 1876 byl položen základní kámen a 24. listopadu 1878 došlo k benedikci kostela. Slavnostní vysvěcení pak bylo provedeno 22. května 1881 litoměřickým biskupem Msgre. Antonínem Ludvíkem Frindem. V letech 1943-1944 byla provedena velká oprava svatostánku, neboť zásah pražských odborníků byl již velmi nutným krokem. V letech 1951-1952 byly pořízeny nové vitráže, jejichž realizaci provedl architekt a grafik Břetislav Štorm. 3. prosince 1987 byl objekt zapsán do státního seznamu kulturních památek (viz
https://pamatkovykatalog.cz/kostel-sv-martina-14548654). Mnoho oprav bylo provedeno až v posledních letech, a to od roku 2006 (viz
https://www.propamatky.info/cs/zpravodajstvi/stredocesky-kraj/-/obnova-kostela-sv-martina-ve-msene-se-blizi-do-finale/5763), nejprve byla provedena obnova střechy a sanktusníkové věžičky, pak byla zahájena postupná obnova fasády (v roce 2023 již 7. etapa) a oken (viz
https://www.mestomseno.cz/msenske-noviny/rocnik-xxiv-2018/0218/listina-z-kostela-pripomina-nicive-pozary/) a v letech 2014-2015 byly zrestaurovány vitráže. 16. února 2020 zakončil generální vikář Mons. Martin Davídek při mši svaté kanonickou vizitaci ve farní kolatuře Mšeno u Mělníka (viz
https://www.dltm.cz/zakonceni-kanonicke-vizitace-ve-farnosti-mseno-u-melnika).
Jedná se o pseudorománský trojlodní chrám Páně s obdélným a polokruhem ukončeným presbytářem se sakristií a oratoří po stranách a v průčelí s hranolovou věží s jehlancovou střechou. Fasáda je hladká a zakončená obloučkovým vlysem a hlavní římsou. Presbytář je sklenut hladkou křížovou klenbou, v závěru s žebry na přípory, lodi jsou zaklenuty křížovými klenbami, oddělenými valenými pásy s žebry, sbíhajícími se na přípory. V závěru kostela jsou vitráže se signací: "M. K. 1952" Střecha je pak sedlová a v závěru přechází v půlkuželové zastřešení, přičemž u presbytáře je situována sanktusní věžička.
Z původního zařízení mnoho nezbylo, to současné je historizující a pochází zvláště z 19. století. Na hlavním oltáři nalezneme obraz od Josefa Vojtěcha Hellicha. Kromě něj tu jsou boční oltáře Panny Marie a sv. Jana Nepomuckého s obrazy Josefa Scheiwla. Velký kříž v lodi z roku 1883 byl pořízen na obranu a jako záštita města i farnosti samé. Původní varhany ze 17. století byly opraveny v roce 1713 slánským varhanářem Martinem Leopoldem Nedvědem. V letech 1722-1724 byl Leopoldem Spiegelem postaven nový nástroj, jenž byl opraven v letech 1811, 1831 a 1867. Současné varhany pocházejí od Emanuela Štěpána Petra a jsou z roku 1887. Ten je také v roce 1918 opravil (viz
http://www.varhany.net/cardheader.php?lok=3376). Za zmínku stojí ještě dvojice pozlacených stříbrných kalichů a monstrance z téhož materiálu.
Na kostelní věži bývala po dvojici předem zmíněných požárů čtveřice zvonů - první (sv. Václav) o hmotnosti 6 centů s nápisem: "PO HROZNÉM POŽÁRU R. 1867 22. ČERVNA ULIT KU CTI A CHVÁLE SV. VÁCLAVA OBSTARÁNÍM MĚSTSKÉ RADY TOHO ČASU: KAREL ČERVENKA STAROSTA, V. ŽIVNÝ RADNÍ, J. V. ŠTOLC RADNÍ, J. BÍZA RADNÍ, M. KUS RADNÍ. ULIT V SLÉVÁRNĚ DCERY KARLA BELLMANA ANNY V PRAZE 1868." (jeho pořízení vyšlo na 647 zlatých); druhý (sv. Jiří) o hmotnosti 80 liber s textem: "MĚSTO MŠENO ROKU 1870. ULIT OD DCERY KARLA BELLMANA ANNY V PRAZE"; třetí (Panna Marie) s nápisem: "SANCTA MARIA, ORA PRO NOBIS. PROS ZA NÁS ZA HŘÍŠNÉ NYNÍ I V HODINU SMRTI NAŠÍ.", pod nímž je ještě znak lobečského velkostatku s textem: "OHNĚM JSEM SKLESʼ R. 1867. V OHNI MŮJ VZKŘES R. 1878. PÉČÍ FR. KONDELÍKA, FARÁŘE, A PATRONA. V DÍLNĚ ED. PAULA V ČESKÉ LÍPĚ." a čtvrtý (sv. Martin) s nápisem: "SVATÝ PATRONE, ORODUJ ZA NÁS! OHEŇ MĚ SKLÁTIL R. 1867 - V ŽIVOT ZAS VRÁTIL 1878. PÉČÍ FR. KONDELÍKA, FARÁŘE, A PATRONA. V DÍLNĚ ED. PAULA V ČESKÉ LÍPĚ." (viz
https://www.zvonici.cz/stranka/mseno) Ta předchozí trojice velkých zvonů sestávala z tzv. Hrubého zvonu o hmotnosti 15 centů s textem: "LETA PÁNĚ 1670 TENTO ZVON SLIT JEST KU CTI A CHVÁLE BOŽÍ SVATÉMU MARTINU DO MĚSTYS MŠENA. TOHO ČASU FARÁŘEM KNĚZ JAN PETER PARVUS, MŠENSKÝ RADNÍ OSOBY TYTO, RYCHTÁŘ PANSKÝ MATĚJ ŠTOLC, PRIMAS JIŘÍ KUBA, VÁCLAV PARVUS, VÍT VAVŘINEC, JIŘÍ MOUKA, JAN MASEJDEK, JAN ČERNOHORSKÝ, JIŘÍ HERTCIK, JAN NAJMON, VILÍM VILSDORF, MARTIN POPELKA, MARTIN NAJMON, RYCHTÁŘ MĚSTSKÝ: KRYŠTOF ŠTOLC, PÍSAŘ RADNÍ JAN HULICIUS, KANTOR VÁCLAV ČERNOHORSKÝ. JOANES PRICQUEY CIVIS NEO BOLESLAVIA HAS TRES CAMPANAS FECIT. (L. S.)"; Poledníku o hmotnosti 9 centů s nápisem: "ANNO DOMINI MDCLXX A FULGURE ET TEMPESTATE LIBERA NOS DOMINE." a tzv. Ranního zvonu o hmotnosti 6 centů s textem: "AANO DOMINI 1670 IN OMNEM TERRAM EXIVIT SONUS TORUM." Jejich redukci pak způsobily rekvizice obou světových válek. Dnes v kostele nalezneme zvon z roku 1722, jenž původně býval v kostele sv. Otmara v Hoštce a po vrácení v restituci v roce 1946 byl následně umístěn v Mšeně.