Tato místa byla zbožnými lidmi navštěvována již v dávných dobách, kdy se křesťanství teprve etablovalo do života českého státu, protože tamní farní chrám Páně měl být připomínán již v 9. století (oficiálně pochází první zmínka až z roku 1356), a to spolu s tamní tvrzí a osadou, jež náležela příběnické vrchnosti (první listinná zmínka z roku 1220, v níž se uvádí Vítek z Klokot). Když došlo k husitským válkám, tak se měli na Klokotech zdržovat adamité, kteří byli nakonec pochytáni, nějakou dobu přesvědčováni k zřeknutí se svých bludů a před sv. Jiřím v roce 1421 na rozkaz Jana Žižky z Trocnova a na Kalichu upáleni na místě, jemuž se dnes říká Kalvárie. Mělo jít prý přibližně o 50-70 osob obojího pohlaví v čele s knězi Burianem Štrausem a Petrem Kánišem.
V 15. století pak Klokoty připadly k Táboru. V letech 1648-1672 působili v Klokotech strahovští premonstráti, kteří sem ve spolupráci s táborským děkanem P. Dominikem Urtikou pořádali ohromné průvody z Tábora. Roku 1679 koupil Klokoty benediktinský prelát Didacus a Canvero za 4 000 grošů českých. Španělští benediktini předali v roce 1705 na několik let správu nad Klokotami benediktinům z rakouského Mölku, aby se později, tj. roku 1934, staly sídlem Těšitelů Božského Srdce Páně, jejichž superior zároveň zastával místo residenčního kaplana.
Nejvíce jsou Klokoty známé uctíváním obrazu Panny Marie Klokotské, o němž se má zmiňovat již Aeneáš Sylvius. Podle lidové tradice sem měla být tato malba přivezena z Příběnic. V letech 1700-1711 byl na tomto místě vystavěn klášter, na jehož stavbě měli zásluhu nejen táborští děkané P. Jiří Josef Winkler, P. Karel Novák a P. Pavel Klášterský, ale rovněž táborská obec, okolní šlechta a řada táborských a klokotských zámožných měšťanů. V roce 1702 byla zahájena stavba kostela, v němž byla roku 1712 zřízena kaple sv. Václava a o 2 roky později kaple sv. Josefa. K němu v letech 1726-1730 přibyly ambity s nárožními kaplemi (Početí Panny Marie, sv. Vojtěcha, sv. Jana Nepomuckého a sv. Vavřince) a s bohatě členěným portálem.
Definitivní úprava kostela pak měla být slavnostně dokončena až 8. září 1756 posvěcením pražským světícím biskupem Msgre. Antonínem Vokounem. Z jeho překrásně umělecky i řemeslně provedených štukových, malířských i kovotepeckých prací musíme vyzdvihnout především stříbrný oltář z roku 1743 od zlatníka Franze Seitze s obrazem Panny Marie, jež má pocházet z období kolem poloviny 17. století. Představuje Pannu Marii s rozpuštěnými vlasy a sepjatýma rukama, jak stojí na půlměsíci a kolem ní se nacházejí andělé. Jak již bylo výše zmíněno, má pocházet z příběnické tvrze, ale i zde jsou nevyřešené otázky, protože někdo tvrdí, že vznikla právě pro příběnickou vrchnost, jiní naopak oponují tím, že sem byla jen přinesena úplně odjinud, dokonce možná až zpoza našich hranic, což bývalo také obvyklé. K jeho obnově mělo dojít v roce 1622 a autorem těchto prací byl prý malíř Ondřej Burger z Prahy. V době třicetileté války byl zachráněn před loupeživými švédskými hordami tím, že byl ukryt v podzemí děkanského kostela Proměnění Páně na hoře Tábor a roku 1636 byl odtamtud slavnostně přenesen zpět.
Sám areál na sebe poutal pozornost nejen samotnými poutěmi, ale velký zájem byl o něj projeven rovněž v roce 1896, kdy byl uspořádán v Táboře katolický sjezd za účasti nejvyšších církevních činitelů. Tehdy se začalo uvažovat o návratu k původnímu stavu, kdy Klokoty bývaly předním českým poutním mariánským místem. Začalo se vyjednávat s redemptoristy a dominikány, kdo se ujme této vedoucí role, aby ji nakonec měli převzít ti na druhém místě jmenovaní. Zároveň se město Tábor zavázalo k zřízení čtvercového tržiště a útulny pro poutníky. Nakonec sem však českobudějovický biskup dosadil 2 členy kongregace redemptoristů a dosavadního klokotského správce P. Josefa Šedivého chtěl přeložit jinam, k čemuž nakonec nedošlo. V letech 1931-1932 byla provedena obnova a zrestaurování zdejší svatyně. Na přelomu 30. a 40. let 20. století pak došlo na hlavní cestu k areálu a tak bychom mohli dlouze pokračovat.
Z toho všeho není nic divného, že 31. prosince 1963 byl tento klášterní areál zapsán do státního seznamu kulturních památek a k 1. červenci 2018 se stal národní kulturní památkou (viz
https://pamatkovykatalog.cz/klaster-s-kostelem-nanebevzeti-panny-marie-692274), což se projevilo i tím, že je sem směřována řada finančních prostředků na různé opravy a postupné zrestaurování všeho, co je potřeba. Na závěr je třeba zmínit to, že v letech 1827-1833 býval klokotským sídelním kaplanem básník Josef Vlastimil Kamarýt. Více informací o tomto nádherném a malebně položeném místě, jež od roku 1994 spravují obláti, lze nalézt na tomto webovém odkazu:
https://www.klokoty.cz.