Tato místa pomezních hvozdů bývala dlouhá staletí nedotčena a teprve na přelomu středověku a novověku sem začali pronikat různí lidé, kteří se zde začali usazovat. Zejména šlo o dřevorubce, případně pastevce dobytka nebo hledače různých rud. Zdejší osada byla původně známá pod německým pojmenováním Grenzbauden a její existence byla poprvé zmíněna v roce 1634, i když jinde se píše, že osada byla založena roku 1690 (viz
https://malaupa.cz/historie/). Nějakou dobu byla rovněž nazývána jako Hraniční boudy, např. v I. vojenském mapování z let 1764-1768, resp. v jeho rektifikaci z let 1780-1783 (něm. Gräntz Bäude, viz
https://chartae-antiquae.cz/cs/maps/12756/?view=-12.453104892447143,54.922007814828675,6). V roce 1849 se osada stala součástí Horní Malé Úpy (viz
https://ags.cuzk.cz/archiv/openmap.html?typ=skicic&idrastru=HRA019018410), přičemž kácené dřevo bylo odsud dopravováno do Kowar na rohačkách, později sloužily sáně též k dopravě lidí, např. roku 1886 bychom zaznamenali více než 1 000 takových jízd. Když ovládl Krkonoše turismus, staly se Pomezní Boudy vbrzku jedním z nejnavštěvovanějších míst, což dokazuje publikace "Zima v horách. Praktická příručka pro zimní sportovce a návštěvníky hor s lyžařskou mapou Krkonoš. Lyžařská škola. Průvodce Krkonošemi. 1934-35", kterou sestavil B. Mázel:
"Walter Tippelt:
Pomezní boudy.
1050 m n. m.
Navštivte naše Pomezní boudy! Zde naleznete nejskvostnější lyžařské tereny z celých Krkonoš. Sněžka a Kolbenberg chrání dalekou, stromů prostou Horní planinu před studenými severními a východními větry i bouřemi. Již nejbližší okolí poskytuje lyžaři možnosti, že o lepších nelze ani sníti. Mnoho proti větru chráněných svahů a slunných úžlabin, lesní cesty a průseky pro každý stupeň sportovní vyspělosti překvapují vždy novými půvaby i slastmi. Tury a výlety na Sněžku, Leischerovy boudy k Emmininu pramenu, na Černou kupu, Mohornův Mlýn a jinam přes daleké luční plochy a zasněženými pohádkovými lesy uspokojí jistě každého. Všem zimním sportům daří se tu již od začátku prosince do konce března, tedy nepřetržitě plné čtyři měsíce. Po celou tu dobu jsou zde stálé lyžařské kursy pořádané lyžařskými cvičiteli.
Nově vybudovaný lyžařský můstek stane se v příštích letech významným činitelem při pořádání důležitých lyžařských podniků v Pomezních boudách. Konečnou stanicí pro Pomezní boudy je Svoboda n. Ú. - Janské Lázně.
Z nádraží jezdí autobus až na Pomezní boudy, pouze při velkém množství sněhu jen do Mohornova Mlýna. Odtud zbývá pak výstup po lyžích nebo saněmi romantickým údolím Malé Úpy. O ubytování v moderně zařízených boudách nebo v soukromých domech je tu dostatečně postaráno."
Základem tohoto místa, k jehož elektrifikaci došlo roku 1919, byly právě boudy: Adolfova (postavena v roce 1928 Adolfem Wenzlem; později se z ní stal hotel Hořec, jenž byl v letech 2019-2025 proměněn v Centrum Hořec; viz
https://www.seznamzpravy.cz/clanek/magazin-architektura-stolety-hotel-na-pomeznich-boudach-prestaveli-na-apartmany-kino-a-kavarnu-295801), Goderova (Adolf Hofer), Tippeltova (Dolní Malá Úpa čp. 1, Ignaz Tippelt) a hostinec Waldfrieden (Berta Möhwald), ale nebýt Klubu českých turistů a zejména jednatele jilemnického odboru, řídícího učitele Jana Buchara, bylo by vše možná jinak. Právě on totiž stál u založení české turistiky v Krkonoších, neboť v 18. a 19. století sem proudili pouze německy hovořící návštěvníci. Všeobecnému rozvoji se však postavila do cesty 2. světová válka, kdy byla celá osada v letech 1938-1945 součástí Třetí říše a potom zase období komunistického režimu, kdy byla hranice s Polskem pomalu neprostupná, takže turistický ruch upadal, aby se opětovně ve velkém rozjel po sametové revoluci v roce 1989, zejména však po vstupu do Evropské unie a díky Schengenskému prostoru.
Vedle toho byla výrazným místem zdejší celnice, jež se od roku 1841 nacházela ve staré Pomezní boudě. V roce 1856 nechal Maria Berthold Johann Nepomuk Anton Franz Daniel hrabě z a na Aichelburgu (viz
https://archakrkonos.cz/osoby/7971-aichelburg-berthold-1823/) postavit u hranice nízké dlouhé stavení s valbovou střechou, které následně pronajal c. k. celnímu a finančnímu úřadu, k němuž se přidali i pruští celníci z dnešního Karpacze. Pod jednou střechou zde oba celní úřady vydržely do prusko-rakouské války v roce 1866. Pruská celní správa se navrátila do Kowar a teprve 15. srpna 1923 byla dokončena na německé straně nová celnice, díky čemuž došlo 1. července 1924 k otevření přechodu pro automobily.
Do historie však vstoupily Pomezní Boudy i jinak. 3. září 1922 se na Pomezních Boudách konal první sraz komunistů z českého pohraničí a přilehlého Slezska. Účastnilo se ho kolem 250 mladých komunistů a měl být projevem solidarity se Sovětským Ruskem. Na tuto událost, jejímž iniciátorem byl Leopold Grünwald, jenž redigoval časopis "Ostböhmische Arbeiterzeitung", navázalo později Mezinárodní setkání mládeže, k jehož uspořádání došlo o 50 let později. 24. září 1972 zde byl slavnostně odhalen památník s textem: "Pro vzpomínku na mezinárodní setkání českých a německých proletářů v Krkonoších 1922 - 1933" od sochaře Josefa Marka a architekta Bohumila Fanty, který tu vydržel až do roku 1994, kdy byl odstraněn (viz
https://sochyamesta.cz/zaznam/12939), není to nic divného, protože tzv. Dny přátelství se tu konaly též v následujících letech, např. v roce 1978 se zde sešlo více než 3 000 členů SSM a Svobodné německé mládeže (FDJ).
Další výraznou událostí se stalo přepadení zdejší celnice čp. 39, k němuž došlo v noci z 19. na 20. září 1938. Tehdy se její osazenstvo hrdinně a úporně bránilo početnému oddílu Sudetendeutsche Freikorps (viz
https://www.forum24.cz/zlo-plodi-zlo-hitleruv-freikorps-terorizoval-pohranici-po-valce-pak-byli-popravovani-i-nevinni-civiliste). Při její obraně padl četnický strážmistr Eduard Šiman (viz
https://www.codyprint.cz/padli/ces/ces03.html), celnice vyhořela a následně zanikl i ikonický ocelový hraniční sloup z roku 1925, jenž můžeme vidět pouze na historických fotografiích. U celnice 28. května 1945 zastřelili čeští bojovníci starostu Horní Malé Úpy Maximiliana Ruse, bývalého starostu Dolní Malé Úpy Johanna Taslera, učitele Josefa Patzelta a další vybrané občany. Od té doby byla hranice neprostupně uzavřena, jak již bylo předem zmíněno, a to až do roku 1961. O 2 roky později pak vznikla společná československo-polská celnice, aby opět v letech 1981-1990 došlo k uzavření společné hranice (viz
https://www.malaupa.cz/wp-content/uploads/2015/11/historie_male_upy_vv.pdf). K jejímu slavnostnímu otevření došlo v roce 1990, kdy závoru zvedl sám prezident Václav Havel (viz
https://ct24.ceskatelevize.cz/clanek/specialy/30-let-zpet-zvedame-zavory-45927). 1. dubna 1994 došlo k obnově automobilového provozu (kvůli klimatickým poměrům býval však kolikrát uzavřen do jara) a 21. prosince 2007 došlo ke vstupu obou zemí do Schengenu, díky čemuž odtud zmizely závory a všichni můžou proudit oběma směry bez jakýchkoliv problémů a omezení, nyní skutečně jako bratři. O 2 roky později získala celnici obec, jež sem sestěhovala obecní úřad, poštu, ZŠ, MŠ a zázemí pro SDH. Na závěr ještě zmiňme, že o Pomezních Boudách můžeme číst v řadě literárních děl ("Krkonoše" od Václava Durycha) a odehrává se zde i část filmů "Holka na zabití" a "Vlčí bouda".