O původu jejího názvu hovoří prof. Antonín Profous ve svém díle "Místní jména v Čechách. Jejich vznik, původní význam a změny. Díl III. M-Ř" toto: "2. Nahořany (lid. v Nahořanech, do Nahořan, nahorskej), ves 4 1/2 km záp. od Nov. Města n. Met.: 1415 hered. in v. Nahorzan et in Ssonow post Kunkam relictam Benessii de Krczina, AČ. 3/487; 1460 in Krczinie munit. - in Nahorzanech, Dolsko, Ssenow villas, RT. II, 304; 1545 (1527) Nowe Miesto zámek .. tvrz Czernczicze pusté .. ves Nahorzany celú, DZ. 6 D 22; 1548 Nowe Miesto zamek řečený Hradisstie nad Metugy .. w Krczinie mčko celé .. Nahorzany, Dolsko, DZ. 8 J 30; 1634 Nahoržany, BR. 12/819." Sám název by měl stejně jako u dalších stejnojmenných obcí vyjadřovat to, že jde o ves nahořanů, t. j. lidí bydlících v osadě na hoře nebo na horách, případně v jejich podhůří.
Tato lokalita byla obydlena již v neolitu a podle mnoha nálezů se zdejší osídlení prohlubovalo v době hradištní. Roku 1872 bylo prokopáno popelnicové pohřebiště u Nahořan a v roce 1888 narazil Jiří Rydlo na svém poli na černou zem, jež byla promíchána keramickými střepinami a zvířecími kostmi. Následně pak vyoral 59 cm dlouhý bronzový meč. První zmínka o zdejší vsi však pochází až z roku 1415, i když v roce 1923 byl při odkrývání základů v kovárně čp. 2 nalezen kámen s vytesaným letopočtem 1360.
Od dávných dob náležely Nahořany vlastníkům tvrze v Krčíně, která existovala již ve 13. století, pokud ne již dříve. V roce 1388 náležela Beneši z Rýzmburku, jenž zemřel před rokem 1411. Roku 1415 zemřela i jeho vdova Kunka, která měla na Nahořanech a Šonově zapsaných 500 kop věna. V roce 1460 koupil krčínské zboží Sezema z Rýzmburka a roku 1484 připadlo Janu Černčickému z Kácova, jenž v roce 1501 založil své nové sídlo - Nové Město nad Metují, čímž se Nahořany staly součástí novoměstského panství. V Nahořanech se nacházel též svobodný dvůr, který v roce 1627 zakoupil Jan Šmádlo z Rittersteina od Jana Konečného za 600 kop grošů míšeňských a jeho manželka o 3 roky později přikoupila k němu ještě sad a kovárnu. Tento statek byl 19. května 1633 osvobozen od všech platů, poplatků i robot, a to hrabětem Adamem Trčkou z Lípy "pro jeho věrný a upřímný služby mému pánu otci Janovi Rudolfovi hraběti Trčkovi z Lípy a mně prokazovaných". Císař Ferdinand III. pak povýšil syna Rudolfa Karla Šmádlu do šlechtického stavu (Rudolph Schmadlo von Ritterstein), jehož syn Karel Rudolf zemřel roku 1710 a Jakub Josef Šmádlo zemřel v roce 1738, čímž tento rod vymřel po meči. Od té doby měl dvůr 2 hospodáře. Sama kovárna byla již v roce 1637 odkoupena obcí. Podle soupisu z roku 1651 bylo v Nahořanech 27 mužů, 28 žen a 37 dětí, z toho 8 sedláků, 5 zahradníků a chalupníků, 6 čeledi a l řemeslník. Rychtářem byl Jan Hauser, všichni obyvatelé byli nekatolíci a naděje na jejich obrácení k římskokatolické víře žádná. Asi v roce 1680 vyhořel šmádlovský dvůr. Mnoho škod si ve vsi vyžádaly události sedmileté války (1756-1763). 21. září 1756 tábořila ve vsi pruská armáda. Roku 1798 se začalo učit v tzv. pastoušce čp. 8. Prvním známým učitelem byl Matěj Štěpán. 16. dubna 1794 vyhořela většina vsi, a to včetně původního šmádlovského dvorce. Roku 1837 byla kovárna prodána kovárna některým nahořanským rolníkům, kteří utvořili tzv. "kovárnický spolek", jenž dále kovárnu pronajímal. V roce 1843 měly Nahořany 377 obyvatel a 59 domů.
Po zrušení poddanství a zavedení prozatímního zřízení obecního se staly Nahořany samostatnou politickou obcí. 29. března 1866 vyhořelo 9 stavení. Roku 1866 byla ves postižena událostmi prusko-rakouské války. Již 27. června 1866 bylo ve staré škole umístěno 10 zraněných vojáků. Po bitvě u Náchoda začali lidé prchat k Opočnu a vrátili se až po bitvě u České Skalice. 3. července 1866 vyjeli Prusové do Nahořan, aby zrekvírovali dobytek a krmení pro něj, avšak na silnici od Krčína byli zastaveni davem místních a raději odjeli zpět k
Náchodu. Zdejší rychtář Václav Pozdílek následně požádal podkrajského hejtmana, aby povolil vsi dodání 12 pušek. K nim přibyly další zbraně, které si lidé nasbírali na blízkých bojištích. Od té chvíle měli od pruského vojska pokoj. 26. března 1871 shořela Václavu Troutnarovi z čp. 21 stodola. Při stavbě nové pak byl objeven starý hliněný hrnec s množstvím stříbrných mincí uherského krále Zikmunda Lucemburského. V letech 1876 1877 byla postavena nová škola za 12 674 zlatých a 95 krejcarů a k jejímu slavnostnímu vysvěcení došlo 26. srpna 1877. 10. února 1878 byl založen SDH, jehož velitelem se stal bývalý obecní starosta Josef Rydlo. Roku 1882 mlátili zdejší hospodáři již parní mlátičkou. V roce 1886 bylo postaveno obecní stavení čp. 16. O 2 roky později se začalo pohřbívat na novém hřbitově. 18. srpna 1889 se uskutečnilo veřejné hasičské cvičení. Roku 1894 byl založen Čtenářský a zábavní spolek Občanská beseda, pozdější Hospodářsko-čtenářská beseda. V roce 1895 se ustavilo Družstvo ku zvelebení chovu dobytka v Nahořanech. Roku 1896 vznikla knihovna Hospodářsko-čtenářské besedy. V roce 1898 bylo založeno Vodní společenstvo "Metuj". Pak krátce následovala trojice dalších meliorací pod společným vedením. Roku 1902 byla zahájena regulace řeky Metuje a spolu s ní zmeliorování a zavodnění lučních pozemků o výměře 1 000 ha. 25. června 1906 se zastavil v obci královéhradecký biskup ThDr. Josef Doubrava při své cestě do Nového Města nad Metují. V roce 1910 byla do obce zavedena elektřina. O 3 roky později vznikla TJ Sokol. Z front 1. světové války se nevrátilo 19 místních mužů.
V letech 1920-1924 jezdila obcí autobusová linka Nové Město nad Metují-Jaroměř. 22. listopadu 1923 se uskutečnila ustavující schůze odboru Národní jednoty severočeské, který zahájil činnost 1. ledna 1924. V roce 1930 byl do obce zaveden telefon. Tého roku zavedl Václav Mráz z Rohenic autobusovou linku z České Skalice přes Nahořany, Nové Město nad Metují, Dobrušku až do Dobré. V roce 1934 byly vybudovány 4 zděné nádrže, kanalizace a odvodnění návsi, vše nákladem 330 000 Kč. V roce 1937 firma Kubeček a Stehlík postavila "Švehlův dům". Roku 1938 byl pro zemědělské dělnictvo postaven podle zákona o stavebním ruchu velký dům pro 8 rodin s hospodářským příslušenstvím, kolnami, chlévy a hnojišti nákladem 180 000 Kč. Zároveň byla za 20 000 Kč opravena škola. V letech 1938-1939 byla provedena nová výdlažba silnice skrz obec. V roce 1939 došlo k úpravě hřbitova a byla založena místní organizace Národního souručenství. 24. srpna 1947 se zúčastnilo zdejších dožínek a manifestace zemědělského lidu na 15 000 lidí z celého okolí. Roku 1951 bylo založeno JZD a o rok později byl dokončen nový družstevní kravín. 16. května 1953 byla z obce vystěhována rodina Josefa Vojnara, a to v rámci Akce K. Sám Josef Vojnar si tehdy odpykával čtyřletý trest v jáchymovských uranových dolech. V září 1961 byla ustavena nová TJ. Téhož roku vznikl kulturní klub JZD. V roce 1969 se začala stavět družstevní výkrmna pro 2 600 kusů prasat. Roku 1972 bylo založeno hokejové družstvo. V září 1976 byla otevřena nová MŠ, jež vznikla přestavbou uzavřené ZDŠ, a to pro n. p. Elton a JZD Svazarm v Nahořanech. V roce 1979 byl založen oddíl mladých požárníků. Roku 1981 se uskutečnil 1. ročník zájmové automobilové soutěže "Nahořanský lvíček". V letech 1991-1992 byla ke školní budově přistavěna MŠ. V roce 1995 byl postaven vodojem. O 3 roky později vzniklo nové hokejové družstvo. Roku 2015 byl zrekonstruován obchod a vznikla kniha "Nahořany v proudu času" od Jany Ptáčkové. O rok později byla ustavena základní organizace ČSŽ.
Ze zdejších pamětihodností je třeba zmínit: od 6. března 1964 památkově chráněnou silniční bránu, původně ze 17. století (viz
https://pamatkovykatalog.cz/brana-do-vsi-1191131); od 6. března 1964 památkově chráněné stavení tvrze čp. 37, jež je původně ze 16. století, v polovině 17. století barokně přestavěné s bránou do dvora z roku 1794 a stájí z roku 1879 (viz
https://pamatkovykatalog.cz/tvrz-13294286); od 6. března 1964 památkově chráněnou venkovskou usedlost čp. 19 ("Zemanská tvrz"), jež vznikla koncem 19. století v barokním stylu své předchůdkyně ze 17. století (viz
https://pamatkovykatalog.cz/venkovska-usedlost-13774830); kostel svaté Rodiny z roku 1862, jenž byl opraven v roce 1908; pomník padlým v 1. světové válce z roku 1923; kamenný kříž z téhož roku s nápisem: "Přikázání nové dávám Vám, abyste se milovali vespolek, jako jsem já miloval Vás. Po tom poznají všichni, že jste učedníci moji, budete-li míti lásku jedni k druhým. Jan XIII, 34-35", jenž nahradil původní dřevěný kříž; haltýř s trkačem ze 17. století, jenž byl opraven v roce 2016. Z místních rodáků můžeme jmenovat: pěkovského učitele Matěje Skalického (* 12. února 1788 Nahořany), lékaře MUDr. Jana Jelínka (* 1844 Nahořany) a poslance Václava Pozdílka (* 22. září 1885 Nahořany). Poslední dny života tu rovněž prožil farář P. František Král (26. září 1831 Choceň - 6. prosince 1913 Nahořany) a za zmínku stojí rovněž Antonín Mertlík (1793 Světlá pod Hořičkami - 1878 Nahořany), lidový léčitel a rychtář v Nahořanech. K obci se vztahuje řada pověstí, přičemž mnohé se vztahují ke zdejšímu vladykovi Janu Šmádlovi z Rittersteinu, jenž podle jedné z nich měl podepsat smlouvu s ďáblem, podle jiné byl černokněžníkem a po jeho smrti zde strašil jeho duch, který se například zjevil při vlastním pohřbu a mával jeho účastníkům z oje pohřebního vozu nebo zanesl vzduchem místního mastičkáře Matejska z Krkonoš zpět do Nahořan.