Zdejší lokalita byla osídlena již v době kamenné, což dokládá řada nálezů (viz
https://www.cerncice.eu/o-obci/archeologicke-nalezy/). První zmínka o vsi však pochází až z roku 1318, a to predikátem Arnošta z Černčic. Ohledně jejího názvu je nejlépe opět citovat z díla prof. Antonína Profouse "Místní jména v Čechách. Jejich vznik, původní význam a změny. Díl 1. A-H", v němž se píše následující:
"4. Černčice (lid. Čenčice jako před.), ves 3 1/2 km jz. od N. Města n. Met.: 1318 Arnust de Czyrnczicz, RT. I, 25; 1355 ad E. in Czrnczycz, exec. dec. Dobruscensis, LC. I, 23; RDP. 95 r. 1369 Czrnczicz, 1384-1405 Czernczicz; 1381 Vito de Czernczicz, SA. II, 96; 1400 Witkonis de Czrnyczicz, LC. VI, 15; 1425 Arnesti de Czrnczicz, LC. IX, 90; 1545 (1527) Jan czernczicky z Kaczowa prodal Nowe miesto zámek - - tvrz krczin a tvrz czernczicze pusté .. ves czernczicze s pod. kost. Wczierntziczich, DZ. 6 D 22; 1654 Cziernczicze, BR. 12/812; 1790 Hft Neustadt: Cžerncžicz, Schaller XV, 165; 1836 Tscherntschitz (Černčice), Sommer IV, 209.
Jm. Črnčice = ves lidí Črncových n. Črnkových. Os. jm. Črnec (1367 Czyrnecz, DRC. 35; 1390 Johannis dicti Czrnecz, LC. V, 17; 1403 Mathia dicto Czrnecz, SA. IV, 198; Černec, Popr. R. 40 a j.) i os. jm. Črnek (ok. 1170 c. 16 Crinek testis, CB. I, 224 10; 1125/40 sp. 13, Crinek, arator eccl. Wissegr. in Trubine, t. 406 10; Crnek, Nekr. Podl.) vznikla z adj. črný zpodstatňující příponou -ec < -ьcь a -ek < -ьkъ a znamenala stejně ein Schwarzer, t. j. černovlasý, černooký, smědý."
Za kostelem stávala ve středověku sídelní tvrz pánů z Černčic (viz
https://www.cerncice.eu/cerncicka-tvrz/), jejichž původ je odvozován od Kouniců. Později byli nazýváni jako páni z Kácova a Černčic. Nástupci Arnošta z Černčic byli bratři Jan a Vilém z Kácova, nejspíše se jednalo o syny předchozího vlastníka černčického zboží. V roce 1355 podávali společně zdejšího faráře. Po smrti Viléma z Černčic vládl v Černčicích jeho bratr Jan. Později drželi černčické zboží bratři Vítek, Arnošt a Vilém, kteří byli Vilémovými syny. Sám Vítek je zapsán jako pán na Černčicích v letech 1391-1408. Arnošt z Černčic bojoval v letech 1423-1424 u České Skalice a u Hořic proti Janu Žižkovi z Trocnova. Oldřich z Černčic prodal v roce 1408 ženskému klášteru u sv. Anny v Praze 9 kop grošů českých ročního platu na svém dědictví v Černčicích. Poté se ještě musel vyrovnat s černčickým farářem Vojtěchem ohledně desátků. Jan Arnošt Černčický z Kácova založil roku 1501 Nové Město nad Metují, které si zvolil za své nové sídlo. V roce 1527 pak prodal novoměstské panství Vojtěchovi z Pernštejna. Tehdy byla zdejší tvrz popsána jako pustá. Někteří poddaní však náleželi k Mikuláši Sendražskému ze Sendražic a ty získal Vojtěch z Pernštejna až roku 1528, kdy zakoupil polovinu městecké tvrze a poplužního dvora a stejnojmennou ves. První zdejší rychtář byl zmíněn v roce 1585 a jednalo se o Jana Žďárka. Rychtářství v tomto rodě bylo dědičné a jeho grunt o výměře 2 1/2 lánu byl osvobozen od roboty. Za to však musel vozit z Prahy sůl. Roku 1587 byla poprvé zmíněna místní škola. Později drželi novoměstské panství Štubenberkové a roku 1623 ho obdržel Albrecht z Valdštejna, který ho o rok později prodal Magdaleně Trčkové z Lípy, jejíž syn Adam byl v roce 1634 zavražděn v Chebu spolu s Albrechtem z Valdštejna. Tím se Černčice staly součástí smiřického panství, v jehož rámci zůstaly až do zrušení poddanství a zavedení prozatímního zřízení obecního. Během třicetileté války byla většina zdejších statků několikrát vyrabována a vypálena, např. roku 1639. V roce 1651 měla ves 16 stavení a 94 obyvatel (1 svobodník a rychtář, 6 sedláků, 4 zahradníci a 5 chalupníků). Roku 1775 se zúčasnili místní sedláci selského povstání. V roce 1840 byla postavena školní budova a roku 1843 měla ves 77 domů a 479 obyvatel.
V roce 1849 se Černčice staly samostatnou politickou obcí. Roku 1866 zasáhly ves události prusko rakouské války. 27. a 28. června 1866 zde ležela brigáda Rosenzweig. Místní obyvatelé se stejně jako v okolních obcích postavili Prusům na odpor. Nejprve posbírali zbraně na bojišti u Václavic, poté požádali novoměstského okresního představeného o další zbraně, načež jim bylo vydáno 30 pušek. V letech 1867 1869 zde hrála amatérské divadlo družina studentů. Roku 1872 byla ves zasažena povodní. Spolu s dalšími v okolí se vzdala náhrad a věnovala je více postiženým obcím. V roce 1875 byla odevzdána do provozu zdejší železniční trať se zastávkou na bohuslavickém katastru, jež byla pojmenována Černčice-Bohuslavice (roku 1890 byl název přehozen v opačném pořadí). Roku 1880 došlo k přístavbě školy (první a úplně nedokončená proběhla již v roce 1876) a Hospodářsko-čtenářská jednota začala hrát ochotnické divadlo. 29. června 1881 vznikl SDH (viz
https://www.cerncice.eu/sbor-dobrovolnych-hasicu/z-historie/), jenž si o 2 roky později pořídil první stříkačku se 2 písty (o 40 let později došlo k jejímu zmotorizování a sloužila poté až do roku 1938). 17. srpna 1881 byla z Metuje vylovena mrtvola 30leté Anny Poláčkové z Bohuslavic, na níž byly nalezeny stopy po rdoušení a jako pachatel byl zatčen její manžel. V roce 1907 byla založena Hospodářsko čtenářská jednota. Roku 1910 vznikl Spořitelní a záložní spolek. V roce 1912 byl ustaven spolek divadelních ochotníků. Roku 1913 vznikla TJ Sokol a do většiny obce byl z Krčína zaveden elektrický proud. V roce 1917 byly zrekvírovány 2 zvony ze zvonice. Z front 1. světové války se nevrátilo 17 místních mužů (na pamětní desce je uvedeno pouze 14 padlých a zemřelých; když započítáme ty, kteří zemřeli na následky válečných zranění a útrap, tak dojdeme k číslu 24).
1. dubna 1921 se místní katolíci ozbrojili obušky a dalším nářadím, aby zabránili příslušníkům Církve československé v užívání místního kostela. Byla to reakce na předchozí usnesení obecního zastupitelstva, jež povolilo společné užívání chrámu Páně oběma církvím. 15. července 1923 vyhořelo od blesku hospodářství J. Čečetky. 4. června 1927 zničilo krupobití s vichřicí a průtrží mračen velké škody na polích. Téměř celá úroda byla zničena. V témže roce bylo ve vsi nalezeno 100 stříbrných mincí ze 14. století. Roku 1930 byla postavena hasičská zbrojnice. O 5 let později byly zahájeny meliorace zdejších pozemků. Základem těchto prací bylo provedení trojice odpadního potrubí v délce 1 700 m, prohloubení menších odpadů a odvodnění 143,96 ha pozemků. Roku 1938 byla pořízena nová motorová stříkačka. V roce 1939 byla zbourána stará škola a okresem zadána stavba mostu za 70 000 K. Téhož roku byla postavena nová školní budova, v níž se začalo vyučovat 1. ledna 1940. Roku 1946 se uskutečnilo v obci veřejné hasičské cvičení, a to v souvislosti s oslavami 65. výročí založení SDH. V letech 1968-1985 zdejší DO OB přerušil svoji divadelní činnost. Roku 1969 byla opravena silnice mezi Černčicemi a Dolskem. V roce 1972 bylo ve škole instalováno ústřední topení. O 4 roky později byla vybudována požární nádrž. Roku 1978 prošla MŠ vnitřními úpravami. O 10 let později byla obnovena tradice masopustních průvodů. V letech 1988-1995 bylo vystavěno kulturní a sportovní zařízení. V roce 1989 bylo sehráno poslední ochotnické divadelní představení (Jak je důležité míti Filipa). V červnu 1999 bylo přívalovou povodní zaplaveno 22 domů. Roku 2014 došlo k výměně oken a k zateplení školní budovy. V roce 2015 vznikl přírodovědný oddíl Čolci Černčice. V letech 2016-2017 došlo k rekonstrukci vodovodního řadu. Roku 2017 vznikl Spolek přátel Černčic. V roce 2018 byla vybudována dvojice nových dětských hřišť. Roku 2021 byla provedena rekonstrukce silnice k Novému Městu nad Metují, obecní prodejny čp. 3 a revitalizace obecní nádrže.
Nejvýraznější zdejší pamětihodností je kostel sv. Jakuba Staršího, který byl vybudován nejspíše ve 14. století (zmíněn roku 1355 jako farní) a v roce 1850 prošel výraznou obnovou. Díky tamnímu duchovnímu správci P. J. K. Rojkovi byl zachráněn od zbourání, o němž se rovněž předtím uvažovalo. 28. února 1964 byl s nedalekým tvrzištěm zapsán do státního seznamu kulturních památek. Před ním se nachází renesanční věž z roku 1613, jež prošla obnovou v roce 2012. Z dalších památečných objektů můžeme zmínit: márnici s pozdně barokním portálem; mlýn v Osíčku, který existoval již v 15. století; Podhorní mlýn, o němž pochází první zmínka již z roku 1527 a v roce 1760 se dostal do držení rodiny Králů; sochu sv. Václava z roku 1816; kamenný kříž před vstupem na hřbitov od novoměstského sochaře J. Marka z roku 1903; kříž u čp. 50, jenž vznikl jako náhrobek manželů Josefa a Alžběty Lukáškových; kříž pod vsí; kříž na Homoli; litinový kříž u cesty k Podhornímu mlýnu v lokalitě "V Mršníku", který byl v roce 2021 opraven a osazen po mnoha letech na původní místo; sochu Panny Marie u bohuslavické zastávky; pamětní desku padlým v 1. světové válce na školní budově od královéhradeckého sochaře Jaroslava Samka, jež byla slavnostně odhalena 7. října 1928. Ze zdejších rodáků zmiňme: dobrušského učitele Františka Nováka (* 2. prosince 1802 Černčice); pokladníka bohuslavického evangelického augsburského sboru a veterána rakouského vojska, který potlačoval v letech 1848-1849 maďarské povstání Josefa Slánského (1. srpna 1823 Černčice - 9. srpna 1895 Černčice); merklínského faráře, zámeckého kaplana v Hradišti u Blovic a náboženského spisovatele P. Jana Žilíka (* 23. srpna 1835 Černčice); církevního malíře a fotografa Josefa Ladislava Šichana (5. září 1847 Černčice - 14. prosince 1918 Praha-Vinohrady); generála Josefa Slabého (20. srpna 1912 Černčice - 22. dubna 2003 Praha) a hovoranského duchovního Církve československé husitské Oldřicha Ptáčka (* 4. srpna 1913 Černčice). Známý byl i tamní kantor Jiří Jan Novák, který zemřel v roce 1835 a do dějin se zapsal tím, že roku 1785 pořídil první česky psaný stručný souhrn hudební nauky, v němž vycházel z díla salcburského varhaníka Matthäuse Gugla z roku 1719. Na závěr je ještě třeba zmínit, že se k obci vztahuje řada pověstí a legend, např. ohledně selského povstání proti pruským vojákům v roce 1866 (nejvýrazněji se tak stalo ve Velké Jesenici). Zároveň se zde roku 2019 točil jeden z dílů televizního seriálu "Zločiny Velké Prahy" (viz
https://www.cerncice.eu/zlociny-velke-prahy/).