Tento kostel byl vybudován v roce 1359 Arnoštem z Pardubic. Během husitských válek patřil vyznavačům podobojí. Roku 1507 vyhořel a k jeho znovuobnovení došlo o 7 let později. Do roku 1532 byl farním. Následně byl v sobotu na den sv. Vavřince (10. srpna 1532) vyměněn s minority za kostel sv. Bartoloměje, čímž se stal jejich klášterním svatostánkem. V roce 1537 nechal Jan z Pernštejna pobít plechem klášterní věž, což vyšlo na 350 kop grošů, jež mu mělo nahradit město. Kostel byl přestavěn roku 1538, když při požáru města shořela věž na severní straně se nacházejícího minoritského kláštera. 25. října 1645 byl kostel zpustošen švédskou soldateskou. Tehdy vyhořel i se sousední věží. Ještě v červenci 1646 stál opuštěn. Teprve poté byl opraven. Vznikl tak umělý strop, který zakryl původní klenutí, na střechu byla usazena zvonička s nízkou kopulí a do roku 1786 vzrostl počet oltářů ze 7 na 13. V roce 1701 nechal kvardián Hilarius nad vchodem do kláštera postavit dřevěnou věž se zlatou bání, na níž byly 3 zvony. Dva z nich byly dány při zrušení minoritského kláštera roku 1786 do Lán na Důlku, třetí pak zůstal jako školní zvonek. Při tomto zrušení kláštera byl kostel uzavřen a nepoužíván k bohoslužebným účelům. Tehdy přišel o mnoho svého zařízení, např. hodiny, které město zakoupilo do věže v roce 1703, byly prodány do Golčova Jeníkova. Třináct oltářů bylo dáno do různých kostelů nebo prodáno s jinými věcmi. Hlavní oltář Zvěstování Panny Marie byl dán do Kunětic, sv. Anny, sv. Josefa a Panny Marie Čenstochovské, sv. Kříže a sv. Viktorina vzal s sebou kvardián Havele do Korouhve, když je zakoupil, oltář sv. Starosty koupil měšťan Josef Kotík a dal jej do Pardubiček, oltář sv. Bartoloměje byl darován kunětickému chrámu. Křížovou cestu koupili místní měšťané a umístili ji do kostela „na Vystrkově“. K jeho znovuotevření ke školním bohoslužbám došlo roku 1792, i když bez zvonění, ale již v roce 1800 byl znovu uzavřen na rozkaz krajského úřadu v Chrudimi, neboť podle něj došlo k jeho znesvěcení, když zde studenti s některými měšťany hráli divadlo.
Město však několikrát žádalo za jeho znovuotevření, že je nezbytným pro církevní život Pardubic. Znovu zřízen pro služby Boží byl v roce 1804, ale k jeho znovuvysvěcení došlo až roku 1815 děkanem P. Josefem Kouckým. Za presbytářem kostela stávala stará bašta městských hradeb, jíž se říkalo Barborka a byla posléze využívána jako prachárna. V roce 1816 byla zbořena a její zdivo použito ke stavbě vojenských chlévů. Stejně tak dopadly náspy městských hradeb. Plukovník Sumariva Seymann je srovnal se zemí a nasázel zde stromy. Roku 1851 byla střecha chrámu opětovně pokryta, neboť na ní byla zřízena kulatá a plechem pobitá věžička se 2 zvonky. V letech 1887-1890 se vyměnily v lodi 2 starší oltáře za nové, které byly vyrobeny v dílně Petra Buška na Sychrově. V letech 1905-1906 byl kostel zrestaurován architektem B. Dvořákem, přičemž náklad byl hrazen Náboženskou maticí, obcí a dary jednotlivců. Na místě barokního hlavního oltáře sestavil sochař R. Vávra nový opukový gotický stůl oltářní se stříbrnými dvířky s reliéfem Beránka na kříži. Zároveň bylo v chrámové dlažbě a ve sklepeních nalezeno 9 dosud neznámých náhrobních desek. V roce 1940 byla odhalena v kostele pamětní deska jeho zakladateli. 10. listopadu 1940 byl kostel znovuvysvěcen Msgre. Janem Černým, kapitulním děkanem z Hradce Králové. Do roku 1948 sloužil studentským pobožnostem. Poté byl uzavřen a studentské bohoslužby se zde obnovily až v 60. letech 20. století, a to v souvislosti s politickým oteplováním. 12. března 1964 se objekt stal kulturní památkou. O 5 let později byly studentské mše opět zakázány a kostel byl uzavřen. V plánu byla jeho úprava na městskou koncertní síň. K realizaci tohoto projektu nakonec nedošlo. Znovu bylo hledáno jeho využití v roce 1988. O 2 roky později byly zahájeny jeho opravy. K znovuotevření a vysvěcení kostela došlo roku 1993. V roce 2010 došlo k opravě soklu a navazujících omítek, výměně oplechování a doplnění pískovcového soklu kolem sakristie. V květnu 2016 byl vandaly potřísněn barvou, jež měla připomínat krev. Následujícího roku byl zahájen projekt obnovy pláště kostela.
Jedná se o jednolodní orientovanou stavbu uzavřená pětibokým presbytářem a doplněnou na jeho jižním boku sakristií obdélného půdorysu. Budova je u paty opatřena mohutným soklem z pískovcových kvádrů. Boční fasády jsou členěny opěráky obdélného půdorysu, zakončenými pultovými stříškami. Mezi opěráky jsou umístěna hrotitá okna. Vstupní západní průčelí je v přízemí prolomeno pravoúhlým vchodem s profilovaným ostěním, který byl i s horní partií upraven na začátku 20. století a je osazen soudobými dvoukřídlými dveřmi s historizujícím kováním. Nad vchodem je v trojdílném panelu zasazen znak města Pardubic, nápis „AVE MARIA“ a znak Pernštejnů se zubří hlavou. Na panel navazuje velká profilovaná špaleta hrotitého okna ve středu fasády. Kompozici průčelí zakončuje nad jednoduchou korunní římsou trojúhelný štít, který je rozčleněn jednoduchými úzkými lizénami s kamennými hlavicemi, mezi kterými jsou vloženy vpadlé hrotité niky. Presbytář je ukončen pětiboce s hrotitými okny s armováním vystupujícím z omítky a pod střechou opatřen profilovanou korunní římsou. Dva nejvýchodnější opěráky mají odhalené kamenné kvádrování. Střecha je sedlová, nad presbytářem valbová, obě s krytinou z bobrovek, nad sakristií také valbová, krytá plechem. Střecha nad lodí je doplněna polygonální plechovou vížkou sanktusníku. Krovní konstrukce nad lodí i nad presbytářem jsou historické s vaznicovým krovem se stojatou stolicí. Odhalené zdivo je v podkroví vyzděno z cihel (tj. oba štíty i klenby). Do vnější zdi bývalo zazděno několik starých náhrobníků, z nichž nejstarší byl z roku 1500. Ty si dnes můžeme prohlédnout ve Východočeském muzeu v Pardubicích. Obdélná loď je zaklenuta 3 poli gotické křížové žebrové klenby, opatřené ve vrcholu kruhovými klenáky s reliéfními znaky. Nad kruchtou na svorníku je znak města Pardubic – polovina bílého koně. Klenební žebra jsou subtilní, vyžlabená, zabíhají u vítězného oblouku do zdi a na bocích dosedají na do lodi vystupující pilíře, jež mají okosené hrany. Na jihu na prostor navazuje segmentově s výsečemi sklenutá sakristie. Na východě se trojicí schodišťových stupňů zvedá podlaha presbyteria, které je osvětleno ze všech stran pěticí oken a vybaveno pozdně gotickým sloupem s kaplicí sanktuářem a zaklenuto vysoce plastickou sklípkovou klenbou. Během restaurování počátkem 20. století byla objevena současná klenba, která je též zvána jako diamantová. Došlo též k obnově trojice gotických výklenkových oken. K západní stěně lodi je vložena kruchta na valené klenbě s výsečemi, s konvex-konkávně zvlněným čelem, opatřená bohatě vyřezávaným dřevěným parapetem. Okna lodi i presbyteria jsou gotická bez kružby, ozdobená vykládanými skleněnými okny, jež zobrazují světce podle návrhů Luďka Vašátky. V presbyteriu se nacházejí okna s obrazy sv. Anny (dar katechety Františka Langkrammera), uprostřed Zvěstování Panny Marie (dar bývalého starosty Dr. Antonína Formánka) a sv. Jana Křtitele (dar Julie a Františka Schejbalových). Na jižní straně lodi jsou okna s vyobrazením sv. Aloisia (dar bývalého okresního starosty Jana Markalouse a jeho manželky), Vzkříšení Páně (dar rodiny Wernerovy a Luďka Vašátky), na severní straně je okno s obrazem Panny Marie (dar Alžběty Vackovy), okno při oltáři Jana Nepomuckého má obraz sv. Václava z dílny J. Kryšpína z Prahy (dar Františka Riegra, bývalého ředitele Franckovy továrny). Podlahy jsou nové s mramorovými dlaždicemi.
Nový hlavní oltář je vytesaný podle návrhu architekta Bóži Dvořáka sochařem Rudolfem Vávrou z Pardubic. Dvířka tabernákula jsou vytepaná ze stříbrného a zlatého plechu podle návrhu sochaře B. Vlčka od Viléma Čížka. Mříž mezi presbyteriem a lodí vytepal podle návrhu B. Dvořáka též Vilém Čížek, a to v roce 1905. V presbyteriu je na zdi freska „Klanění se tří králů“, kterou namaloval Josef Bosáček podle návrhu Mikoláše Alše. Postranní oltář sv. Jana Nepomuckého je práce řezbáře Petra Buška a synů ze Sychrova z roku 1887 (dar Dr. Františka Hausmana a jeho manželky), také oltář sv. Floriána byl zhotoven stejným autorem. Na třetím oltáři sv. Kříže je obraz „Zvěstování Panny Marie“ od místního malíře Františka Václava Potěšila, který dříve býval na hlavním oltáři. Novodobá je též kazatelna. Barokní kruchta má dřevěné zábradlí od Františka Malínského. To původní bylo před zrušením kláštera přeneseno na kůr kostela v Osicích. Varhany postavil Josef Šturma z Pardubic roku 1908. U oltáře Zvěstování Panny Marie je novodobá Buškova gotická zpovědnice, kterou věnoval obchodník František Sichrovský. Na zdi u oltáře sv. Floriána byl umístěn náhrobník s textem: „Epitafium des Ehrn- und Mannhaften Wilhelms von Mertzens, Herzogen von Hollstein Tausend Pferden Rittmeisters von Adelshofen Compagnie Quartiermeisters. Cui standum ille jacet tuo mae hic que fecit – Hospitia illi que mansis nota Diis, Si bona milles amat si urbs haec secus ille revertens Funerte explebit Marte cavete Domos. Dies den 25. Februard zu Ehrn gutmüthig aufrichten lassen. Anno 1625.“ a vedle něj mramorová tabulka s nápisem: „† Missae omnes ad altare hujus Ecclesiae pro summis Pontificibus, Cardinalibus, Protectoribus Ordinis ac Fratribus defunctis ab ejusdem ordinis sacerdotibus dumtaxat celebratae indulto altaris privilegiati in perpetuo gaudent vigore brevis Benedicti XIII. die XXXI. Jan. MDCXXV. Insuper Missae in obitu vel alio die pro iisdem enunciatis personis ac etiam pro viceprotectoribus, ordinariis loci, principibus supremis Bohemiae regibus patronis loci temporalibus ipsisque fratribus et monialibus ordinis subjectis horumque tantum genitoribus a quovis Sacerdote celebratae eodem perpetuo altaris privilegio gaudent ex indultu Benedicti XIV. Papae die IV. Septembris MDCCLIX.“ Na pravé straně oltáře sv. Jana Nepomuckého je na zdi mramorová deska s textem: „Monumentum erectum in rei gratique animi testimonium. † Altare hoc omnipotenti Deo in honorem SSmae Virginis Mariae Czenstochowiensis erectum privilegio quotidiano perpetuo ac libero pro omnibus defunctis ad quoscumque sacerdotes vigore brevis Benedicti Papae XIV. die IV. octobris MDCCLI. insignitum ac Ministro generali Ordinis die IX. Mensis Martii Anno MDCCLIII designatum.†“ V jižní zdi býval vchod do klášterní krypty.
Zvony bývaly ve zvláštní vysoké a věžovité zvonici východně od objektu, která byla postavena v letech 1535 1541 pernštejnským mistrem Petrem a měla sloužit jako hlavní městská věž. Rok po její dostavbě její funkci převzala Zelená brána. V sanktusníku visela dvojice zvonů. Jeden z nich, pojmenovaný Arnošt, byl roku 1830 odlit Josefem Schneiderem z Hradce Králové. Věnován byl bývalým ředitelem a katechetou hlavní školy v Pardubicích P. Antonínem Havelem, který později působil jako bohdanečský farář. Více o pardubické farnosti zde:
https://www.farnost-pardubice.cz.