Původní kostel měl být vybudován jako nejstarší křesťanská svatyně v Čechách (podle Kristiána), a to někdy v 1. polovině 80. let 9. století (autoři se různí a většinou je užíváno období let 873-885) knížetem Bořivojem I., když se na levohradecké hradiště vrátil z Moravy, kde byl pokřtěn na Svatoplukově dvoře a přivezl sem prvního kněze Kaicha. Nejprve mělo jít o objekt v byzantském stylu, který prošel přestavbou v románském slohu poté, co ho měl vypálit roku 1040 německý císař Jindřich, když se vracel z válečného tažení od Prahy. Zde byl 19. února 982 volen 1. český biskup Vojtěch, jenž pro rozbroje meti Slavníkovci a Vršovci odešel k baltským Slovanům, kde zahynul. Tato rotunda, jejíž základy byly objeveny v roce 1940 pod dlažbou současného kostela (spolu s nordickým žárovištěm z udusané a vypálené hlíny z období 3 000 let před n. l., v rámci výzkumu PhDr. Ivana Borkovského), byla koncem 13. století přestavěna do gotické podoby, kdy byla ubourána apsida a přistavěn polygonální presbytář s opěrným pilířem na severní straně. Tyto změny nejsou nic divného, protože samo hradiště prošlo několika periodami osídlení a s nimi spojenými přestavbami a opravami, vždy podle aktuální potřeby toho, kdo ho z Přemyslovců ovládal. Podle soupisu pražské diecéze z let 1344-1350 náležel kostel k řípskému dekanátu a pražskému archidiakonátu. Tehdy odtud bylo pololetně odváděno 15 grošů papežského desátku. Roku 1356 si zdejší plebán Bohuněk (Bohunco) směnil faru s Jiřím, plebánem v Mokropsích. V roce 1368 odešel plebán Jiří ke kostelu sv. Jakuba na Újezdě v Praze a odtud sem zamířil plebán Ždán (Sdan). Někdy v 80. - 90. letech 14. století přibyly v presbytáři nástěnné malby s výjevy ze života Panny Marie a Ježíše Krista, stejně tak tehdy vznikly na jednotlivých klenebních kápích postavy církevních otců, proroků, Evangelistů a andělů a rovněž výjev z Geneze, zobrazující Adama a Evu u stromu poznání za oltářem. Roku 1408 si místní plebán Lidéř (Liderius) směnil faru s Bedou (Jakubem) z Dobřichovic, po němž tu působil farář Petr, jenž odešel v roce 1412 do Prahy a jeho nástupcem se stal kněz Tomáš, menší mansionář choru Panny Marie při velechrámu Svatovítském v Praze. Po jeho rezignaci roku 1415 ho zastoupil větší mansionář choru Panny Marie Vintíř (Gunther) při velechrámu Svatovítském v Praze. Někdy na počátku husitských bouří zdejší fara zanikla a žádné zprávy z těch dob o ní ani nemáme. V 50.-60. letech 16. století došlo k přístavbě zvonice k jižní straně presbytáře, v níž byl později umístěn zvon z roku 1660. Před rokem 1680 stál kostel uprostřed zřícenin hradu, jak popisuje Tomáš Pešina z Čechorodu. Na přelomu 70. a 80. let 17. století (podle oltáře je uváděn jako období přestavby rok 1684) byla kněžnou-abatyší svatojiřských jeptišek Annou Mechtildou Schenweisovou z Eckštejna, jimž Levý Hradec již před rokem 1228 náležel, zbořena zbývající část okrouhlé lodi rotundy a přímo na zdivo gotického presbytáře byla napojena barokní loď, na níž na západní straně navázala předsíň, z níž vede schodiště na kůr. V té době byl chrám Páně pouhou filiálkou do Únětic a přestavěný chrám benedikoval děkan metropolitní kapituly Msgre. Václav Bílek z Bilenberku. Stavební vývoj kostela se pak konečně uzavřel výstavbou sakristie při východní stěně věže. Roku 1707 byl kostel přifařen k Noutonicím a v roce 1786 k Roztokám, pod něž náleží do dnešních dob. Kostel byl opraven v letech 1781 a 1939-1940, kdy došlo m. k již zmíněnému nálezu základů rotundy a odkrytí gotických nástěnných maleb. V roce 1837 byl obnoven oltářní obraz, a to Janem Grussem starším z Litoměřic. Při opravě interiéru roku 1881 (někde se uvádí až rok 1882) nebyly dostatečné peníze na obnovu fresek, takže byly zabíleny. V roce 1917 došlo k rekvizici cínových píšťal z varhan. Do roku 1947 se zde konaly poutě, vždy na den sv. Ludmily a předtím na svátek Jména Panny Marie, jejichž pořádání narušila pouze 2. světová válka a poté komunistický režim. Vzhledem k výše jmenovanému byl kostel jako součást levohradeckého hradiště zapsán 31. prosince 1965 do státního seznamu kulturních památek a 6. října 1978 se s ním stal národní kulturní památkou (viz
https://pamatkovykatalog.cz/kostel-sv-klimenta-13489484). V roce 1991 byla obnovena poutní tradice (viz
https://www.levyhradec.cz). V letech 1992-1997 proběhlo zrestaurování fresek v presbytáři, takže byl všechen barokní mobiliář z 18. století odsud přemístěn do roztockého muzea. Šlo o hlavní oltář s obrazem sv. Klimenta, postranní oltáře sv. Štěpána a sv. Vavřince a rokokovou kazatelnu. Největší opravy chrámu Páně počkaly až na dnešní dobu. Z nich jmenujme: 1. a 2. etapu restaurování fresek, opravu krovu, střechy a pláště, jež proběhla v letech 2014 a 2015 a pak 3. etapu téhož v letech 2019-2020 (viz
https://www.peplum.cz/?x=2020opravaLH).
Jedná se o jednolodní obdélnou stavbu s obdélnám pětiboce zakončeným presbytářem s hranolovou věží s naznačeným dvoupatrovým členěním a s cibulovou bání na jižní straně a s čtvercovou předsíní na západní straně lodi. Okna jsou obdélná a zakončená segmentem nebo polokruhem, na severovýchodní straně presbytáře je ještě úzké polokruhově ukončené okno. Ve zdivu kostela i jinde je využito druhotně stavebních fragmentů z rotundy. Presbytář je sklenut jedním polem křížové žebrové klenby a v závěru paprsčitě na jehlanovité konzoly. Barokní obdélný sanktuář v rámci z páskové ornamentiky pochází z 18. století. Na jižní straně můžeme vidět fragment gotické sedile, které řeže novější gotizující portálek do věže. Triumfální oblouk je hrotitý a po obou stranách okosený. Loď i předsíň jsou plochostropé, přičemž na stropě lodi je umístěno zdobené štukové pole. Kruchta po stranách je konkávně vyžlabená.
Barokní zařízení tohoto kostela, jak již bylo uvedeno, nalezneme dnes v muzeu v Roztokách. Hlavní oltář z roku 1684 byl vyveden v raně barokním slohu, jako portálový s plochými akantovými závěsy po stranách, s obrazy sv. Klimenta a sv. Kosmy a Damiána (v nástavci), opravenými v roce 1837. Boční oltář sv. Vavřince po levé straně uvnitř vítězného oblouku vznikl jako rámový z velkolistého akantu a vznikl v období kolem roku 1700, s obrazem sv. Vavřince a menšími obrazy dvojice biskupů a sv. Jana Nepomuckého z doby kolem poloviny 18. století. Protější oltář z roku 1751 byl zřízen též jako rámový s rokaji, s ústředním obrazem sv. Štěpána a s menšími malbami sv. Ludmily, Václava a Heleny. Rokoková kazatelna vznikla v polovině 18. století. V lodi bývaly ještě umístěny barokní obrazy sv. Barbory z 2. čtvrti 18. století a sv. Šebestiána z 1. poloviny 18. století. Zavěšené tepané rameno na věčné světlo je ze 17. století, rokajové věčné bylo vyrobeno z cínu. V podkruchtí jsou figurální náhrobníky z roku 1586, z konce 16. století a z roku 1670. V předsíni je navíc ještě mramorový znakový náhrobník Žofie, manželky Václava Boryně ze Lhoty, roz. Bendové z Nečtin z roku 1608 (do roku 1881 byl umístěn uprostřed kostela v dlažbě) a dvojice velmi poškozených figurálních náhrobníků ze 16. století. Původní varhany z roku 1769 sešly a jejich náhradou se v roce 1884 stal nástroj z kostela Narození sv. Jana Křtitele v Roztokách, jemuž byl roku 1866 darován z bohosloveckého semináře v Praze (viz
https://www.varhany.net/cardheader.php?lok=1272).
Po přístavbě zvonové věže v roce 1684 byl do ní umístěn zvon, který byl ulitý Mikulášem Löwem z Prahy v roce 1660. Ten vedle latinského hesla nese německý text: "Nicolaus Löw in Prag goss mich..." a český nápis: "Za panow: oswic: panny V. Katerziny z Ssmidau: kniezny abat: klasst. sv. Girzi ten zvon slity gesti k zadussi Hradeckému: pod tit: sv. Klimenta: Leta MDCLX." Jako zajímavost na závěr uveďme, že zvon do kostela slíbil již rytíř David Boryně ze Lhoty, vlastník Roztok, ale ani jeho synové se k tomuto kroku nedokázali odhodlat, spíše se snažili zkracovat zdejší záduší a na jeho úkor se obohacovat, čehož důkazem může být list kněžny a abatyše kláštera sv. Jiří na Pražském hradě Žofie Albínky z Helfenburku z roku 1610, jenž byl adresován Václavu Boryňovi ze Lhoty, na Roztokách, Vilémově a Ctěnicích.