Tato vodní plocha, která vznikla na původním toku potoka Rokytky, jehož vodou je dosud dotována, náleží k těm nejstarším dochovaným rybníkům v širém okolí, protože byla nejspíše zřízena již ve 13. nebo 14. století, kdy zde měli křížovníci svůj dvůr, jehož součástí od svých počátků byla. Jednu z prvních zmínek o rybníce však máme až z roku 1477, kdy byl zdejší panský dvůr pronajat na šestileté období Ondřeji Běchovkému a ten za něj odváděl 36 grošů českých ročního nájmu. Mezi jeho povinnosti též náleželo dávat kapří násadu do dvojice místních rybníků, které náležely ke dvoru, a polovinu z nich vylovených ryb odvádět křížovníkům. Ale jeho existence je doložena již za vlády krále Ladislava Pohrobka, jenž v roce 1454 potvrdil křížovníkům jejich dávná řádová privilegia a navrátil jim jejich majetky. Sám panský dvůr však byl zmíněn již roku 1420, takže z toho můžeme uvažovat, že Hořejší rybník vznikl ještě mnohem dříve, protože bez vody by sotva dvůr mohl fungovat. Naopak sám Hloubětín se objevuje na scéně již v roce 1207, kdy náležel mezi pětici vesnic, které papež Inocenc III. přiznal řádu německých rytířů v Čechách, jež jim byly předtím darovány vládnoucím přemyslovským rodem. Není tedy pravda, jak se občas někde píše, že vznikl až v pokrčínském období. V některých dobových materiálech se ještě tvrdí, že původně se tento rybník jmenoval Velký Hořejší a kousek odtud v Hrdlořezích býval naopak Malý Hořejší rybník.
Další zmínku o Hořejším rybníce objevíme opět v souvislosti s pronájmem hloubětínského křížovnického dvora, kdy ho roku 1650 získal od křížovníků na šestileté období vladyka a staroměstský měšťan Matěj Kundstat. I on se musel zavázat k tomu, že bude dávat do obou rybníků kapří násadu a polovinu výlovu odvádět křížovníkům. Poloha a výměra této vodní plochy je zaznamenána jak v I. vojenském mapování z let 1764-1768 a jeho rektifikaci z let 1780-1783 (viz
http://oldmaps.geolab.cz/map_viewer.pl?lang=cs&map_root=1vm&map_region=ce&map_list=c108), tak v indikační skice stabilního katastru z roku 1841 (viz
https://ags.cuzk.cz/archiv/openmap.html?typ=skicic&idrastru=KRM112018410). Z obou těchto mapových děl je vidět, že z rybníka byla vyvedena 2 koryta - původní Rokytka na jihovýchodě a Mlýnský potok či náhon (něm. Mühlbach), jehož úkolem bylo pohánět nedaleký Kejřův mlýn (současné pojmenování po mlynáři Josefu Kejřovi, jenž zakoupil mlýn před 1. světovou válkou), který užívala vrchnost a ležel na společné vodě s mlýnem v Hrdlořezích. Druhý rybník však na přelomu 18. a 19. století zanikl, ani není nikde pořádně zaznamenáno, jak se jmenoval, ale z názvu Hořejšího rybníka si můžeme dovodit, že šlo nejspíše o Dolejší rybník, i když v některých pramenech je tato vodní plocha situována jinam. Ať tak, či úplně jinak, tak se jeho západní část stala součástí Hořejšího rybníka a východní část byla vysušena a zasypána, aby byla využita jako pole a pastviny, což nám dokládá II. vojenské mapování z let 1836-1852 (viz
http://oldmaps.geolab.cz/map_viewer.pl?lang=cs&map_root=2vm&map_region=ce&map_list=O_8_II). V jeho místech se dnes nachází jeden bezejmenný rybník a Polifkův rybník. Sama Rokytka byla od rybníka odkloněna během regulačních prací ve 20. letech 20. století.
Že rybník přečkal složité období přelomu 18. a 19. století, tak to nám ukazuje i reambulace stabilního katastru z roku 1874, kde je zaznamenán ve stejné výměře a tvaru jako předtím (viz
https://ags.cuzk.cz/archiv/openmap.html?typ=omc&idrastru=B2_a_4C_2026_3). V roce 1875 pomalu vyschl, neboť byla taková sucha, jež nikdo předtím nepamatoval a ani v Rokytce nic pomalu neteklo. Zdejší rybníky tak díky počasí i lidské činnosti postupně zanikaly nebo se zmenšovaly, což je vidět již z toho, že zatímco v roce 1845 měl Hloubětín 4 ha, 33 arů a 98 m2 vodních ploch, tak roku 1948 jich bylo jen 3 ha, 96 arů a 22 m2. Díky pozemkovým reformám a zabavení majetku křížovníkům po únoru 1948 se dostal rybník do rukou státu. V 50. letech 20. století byl však úplně zanesen, takže se v letech 1956-1957 přišlo s nápadem na jeho obnovu, aby byly napraveny zdejší vodní poměry. Od té doby sloužil jako přírodní čisticí a sedimentační nádrž před vpuštěním vody do čisticí a filtrační stanice. Pokud nepočítáme to, že se z něj v letech 1961-1962 stalo přírodní koupaliště a za tuhých zim byl využíván i k bruslení. Hořejší rybník se totiž měl stát zárodkem velkého rekreačního střediska obyvatel Prahy 9. Však z něj bylo vyvezeno na 65 000 m3 bahna! Pro koupání dospělých sloužila vodní nádrž o celkové výměře 7 500 m2, pro děti pak jeden menší bazén. Během října se sem naopak lidé chodili dívat na každoroční výlovy. Avšak již v roce 1975 se o něm opětovně hovoří jako o zanesené vodní ploše, která již nemohla plnit funkci biologického čističe. K důkladné obnově rybníka však došlo až v letech 2012-2013, kdy byl také odbahněn (viz
http://www.praha-priroda.cz/vodni-plochy-a-potoky/vodni-plochy-dle-katastru/hloubetin/horejsi-rybnik/).
Státu náleží rybník i dnes, kdy má výměru 3,9571 ha. Naopak díky církevním restitucím náleží sousední Polifkův rybník o ploše 0,6844 ha opět Rytířskému řádu Křižovníků s červenou hvězdou. Ostatní vodní nádrže jsou naopak v majetku hlavního města Prahy. Tyto vodní plochy jsou výrazným krajinotvorným prvkem a biotopem všech s vodou svázaných živočišných a rostlinných druhů, takže procházejí postupně mnoha různými vědeckými průzkumy, aby se vytvořil jakýsi jejich inventář. Zmiňme např. průzkum Mgr. Heleny Jahelkové, PhD. z roku 2003, která se zabývá netopýry. V blízkosti Hořejšího rybníka jsou kolikrát zajímavé porosty pobřežní vegetace a jeho zhlaví je porostlé rákosím a orobinci. Na závěr ještě dodejme, že se k němu váže několik pověstí, zejména jde o příhody se zdejšími vodníky.