Původně na tomto místě stál jednolodní kostel v románském slohu, který byl zasvěcen sv. Janu Křtiteli a byl vybudován nejspíše na přelomu 12. a 13. století, a to podle zmínek v pamětní knize kopidlenské fary. Není ovšem vyloučen jeho dřívější nebo pozdější vznik. V současné době je odhadováno, že byl postaven v období let 1260-1280 na místě opevněného hradiště. Podle přehledu pražské diecéze z let 1344-1350 náležel pod jičínský dekanát a královéhradecký archidiakonát. V roce 1356 podal Půta z Turgova, pán na Bradleci, na místo zemřelého plebána Smila kněze Ramsolda. Roku 1369 bylo ze Železnice odváděno 12 grošů papežského desátku. Ještě v roce 1378 byl zmíněn zdejší plebán Eamsold, a to jako svědek v soudních aktech. Roku 1398 byl zmíněn plebán Ctibor. Tehdy Havel z Cidliny odkázal za duši své matky Běty a bratra Jana na dvoře v Cidlině 1 kopu grošů pražských ročního platu, aby byla sloužena 4x do roka zádušní mše a za každé zanedbané výročí musel plebán dát vikáři a zvoníkovi po 2 groších. O rok později si směnil místo kněz Jan z Robous s plebánem Ctiborem. V roce 1404 byl zdejší plebán Řehák zároveň jičínským děkanem. Stejně tak byl zmíněn roku 1407, i když byl občas zapisován jako Řeniko, ale i pod jinými zkomoleninami. V roce 1414 nastoupil kněz Boreš na místo zemřelého plebána Řeháčka (možné je, že jde o výše zmíněného plebána Řeháka). Stejně tak to může být obdobné roku 1422, kdy kněz Jan z Mlýnce zastoupil zemřelého plebána Boršíka. V neklidných dobách husitských válek a v pobělohorském období ztratil kostel vlastního faráře, ale v mezidobí ho opět měl. Můžeme tak usuzovat např. z trhové smlouvy z 28. září 1600, v níž si Jan Cidlinský při prodeji Cidliny vymiňuje na jičínské obci, aby byl kostel v Železnici spravován vždy řádným duchovním správcem. Kolem roku 1553 byl farářem Jan, v roce 1598 Jan Doubrava (Doubravius) z Nymburka, v letech 1602-1615 Jakub Seidelius či Hostinský, po něm Jan Šviha a roku 1622 Jan Vejvoda. Po vyhnání kněží podobojí byl spravován jičínskými jezuity. V letech 1727-1739 byl kostel nákladem patronátu (jičínské obce) a s přispěním hraběte z Trauttmansdorffu přebudován v barokním slohu a zároveň byl nově zasvěcen sv. Jiljímu. Důkazem mohou být prosebné listy města Jičína o příspěvek na stavbu z 20. února 1736 a 12. března 1737. Tesařské práce tehdy provedl mistr tesařský Václav Vaněk z Jičína. Z původní románské stavby se zachovala spodní část západní hranolové věže, jež měla původně tribunu. V přízemí věže se dochoval půlkruhem uzavřený a dnes zazděný portál a malé okénko v západní stěně. K vysvěcení kostela došlo již 3. září 1731. Tehdy byl ovšem pouze filiálním chrámem, který se stal opět farním až v roce 1751. V roce 1803 se naklonil sanktusník, který se měl zbourat, ale byl nahrazen novou věžičkou. O rok později byla postavena nová fara, jež byla původně dřevěná. Roku 1823 byla opravena věž, na níž byl dán nový kříž. V roce 1837 byla díky P. Antonínu Müllerovi instalována křížová cesta. Roku 1852 byla věž zvýšena o 1 patro a zařízena zvonice s cibulovitou bání. V roce 1874 byl opraven presbytář a oratoř a pozlacena kazatelna a o rok později oltář sv. Anny. Tehdy byl též na postranní fundační oltář zasazen nový obraz Panny Marie od malíře Lhoty. Roku 1883 byla provedena oprava zdiva, vybílení kostela, oprava oltáře sv. Jana a stavba nového oltáře Matky Boží s obrazem profesora pražské malířské akademie Antonína Lhoty. O rok později byla zakoupena lampa pro věčné světlo. V roce 1888 byl pořízen nový oltář Sedmibolestné rodičky Boží od Josefa Pátého z Pecky a zakoupena socha sv. Anny. Roku 1893 byly zakoupeny vyřezávané jesličky. V roce 1897 byl zbořen dřevěný kůr a postaven nový zděný. Roku 1897 byl celý kostel vymalován, na kopuli vymalovány obrazy sv. Václava, sv. Víta, sv. Vojtěcha, sv. Prokopa a uprostřed Beránek Boží. 5. května 1898 udílel v kostele sv. biřmování královéhradecký biskup Msgre. Edvard Jan Nepomuk Brynych. 25. dubna 1909 zavítal do zdejšího chrámu Páně v rámci své vizitační cesty královéhradecký biskup Msgre. ThDr. Josef Doubrava. V roce 1927 byl pozlacen celý hlavní oltář a proběhla oprava andělů. Roku 1940 prohlédl kostel městský stavební inženýr z Jičína, aby byl zjištěn jeho stav a případně provedeny nejnutnější opravy, na něž měla fara k dispozici 20 000 K. V roce 1945 bylo rozhodnuto o nahrazení poškozené břidlicové krytiny novou. Od 24. února 1964 je objekt památkově chráněn (viz
https://pamatkovykatalog.cz/kostel-sv-jilji-s-ohrazenim-hrbitova-2148733). Roku 1969 byla pořízena nová zpovědnice. V roce 1980 byla nově pokryta střecha. Roku 2005 byla zadní část kostela opravena pro pořádání výstav obrazů a fotografií. V letech 2007-2008 došlo k nasvícení chrámu Páně. V roce 2013 byla opravena severní oratoř. 23. listopadu 2014 byly vysvěceny královéhradeckým biskupem Mons. Janem Vokálem opravené varhany. Následujícího roku byly dokončeny vnější opravy svatostánku. V letech 2017-2019 proběhla oprava stropu kostela v důsledku narušení základů suchem.
Jedná se o jednolodní orientovanou stavbu křížového půdorysu s trojboce uzavřeným presbytářem, v přízemí se sakristiemi a v patře s oratoři. Jedna z oratoří byla v roce 2013 s podporou MAS Brána do Českého ráje stavebně upravena a vybavena jako multifunkční miniklubovna, využívaná např. pro zkoušky hudebníků a zpěváků na významné církevní svátky a jako zázemí pro koncerty. Západní 2 pole lodi jsou sklenuty křížově, východní českou plackou. Ramena kříže jsou zaklenuta křížově, obdobně rovněž prostory pod emporou. Vítězný oblouk je půlkruhový. Presbytář je sklenut křížově, v závěru konchou s lunetami. Severní i jižní přístavky u presbytáře mají valené klenutí s lunetami. Průčelní hranolovitá věž, která o patro převyšuje loď, je zakončena cibulovitou bání. Střechy kostela jsou valbové. V kostele se pochovávali členové rodu Cidlinských ze Sluh, což můžeme vidět na několika dochovaných náhrobnících z let 1541 (Boučka Cidlinského ze Sluh), 1551 (Barbory Berčinky z Dubé, manželky Bužka Cidlinského ze Sluh), 1559 (Zbyňka Cidlinského ze Sluh a na Cidlině), 1560 (Kateřiny z Valdštejna, manželky Zbyňka Cidlinského ze Sluh) a 1613 (Anny Cidlinské ze Sluh a Kateřiny Karlíkovy ze Sluh).
Na hlavním oltáři je obraz sv. Jiljí v tradičním zobrazení s laní z roku 1884, jenž nahradil původní malbu téhož světce. Boční oltáře jsou zasvěceny sv. Janu Nepomuckému (původně se zde nalézal oltář sv. Františka) a sv. Josefovi. Po obvodu lodi jsou obrazy křížové cesty od J. Suchardy z roku 1837. Zajímavá je rovněž empírová kazatelna. Renesanční křtitelnice stojící na starším kamenném soklu a s nápisem: „Eg hlas z nebe slisst(e) gest toto sin mug mileg wniemz mi se dobrze zalibilo (g)eho poslauchegte. Tato kr(z)itedlnieze gest udielana od Jana Bassti konwarze, toho czasu farazre Walentina a primasa Jana Kalouska kostelnika Jana Swechta Adama Rzehaczina (sv.) Pawla 1571.“ je k hornímu okraji kotlíku 69 cm vysoká. Průměr kotlíku je 40 cm, víko s křížkem je vysoké 36 cm a je na něm vyryt text: „Leta Pagne 1797 zhotovena od Miculasse Pantoleona Wesseli toho casu faraře železnického Václava Sikori řiditele města a Václava Lacini.“ V zadní části kostela je kostelní „Galerie u sv. Jiljí“, kde byla pořádána řada výstav obrazů, fotografií a soch. V současné době není z technických důvodů v provozu. Na kůru jsou varhany od Josefa Koberleho z Lomnice nad Popelkou z let 1897-1898, jež byly opraveny v letech 1924 (Ženatý a Kunt), 1964, 1965 a 2014. Předchozí nástroj byl opraven v letech 1827 (Josef Tvrzský, měchy), 1831, 1847, 1859-1864 (Anton Sieger, přestavba), 1890 (Josef Pospíšil) a 1891 (Josef Kobrle; viz
https://www.varhany.net/cardheader.php?lok=2861).
Na věži kostela bývala vždy dvojice zvonů; první s reliéfy Sedmibolestné Rodičky Boží a Panny Marie s Jezulátkem o hmotnosti asi 35 centů s nápisem: „Haec campana fusa est ad laudem Dei Omnipotentis et beatae Mariae Virginis A. D. MCCCCXCVIII.“ z roku 1448 a druhý menší zvon o hmotnosti 20 centů z roku 1719. Další 2 menší zvony byly umístěny na věžičce nad oltářem. Všechny byly bez nápisů. Jejich počet byl zredukován válečnými rekvizicemi. Více o farnosti a kostele zde:
https://farnost-zeleznice.webnode.cz.