Výstavba Jihlavy a jejích hradeb je kladena do počátků 2. poloviny 13. století, kdy vznikla rovnou pětice městských bran (jejich existence je doložena pomalu od počátku městských knih, které podlehly velkému požáru roku 1353 a v roce 1359 došlo k jejich obnově), z nichž se však do současné doby dochovala pouze jediná, a to právě brána Matky Boží, známá dříve i jako Panenská, střežící původně přístup od cest od Českých Budějovic, Tábora a Humpolce, i když již není v původním gotickém stavu, protože její dnešní podoba pochází z přelomu 15. a 16. století, kdy byla její podstatná spodní část přestavěna. Právě v letech 1508-1509 byla původní věž snesena a nahrazena pozdně gotickou bránou s vysokým průjezdem a hrotitými portály, avšak někteří autoři hovoří o pouhé přestavbě tohoto objektu. Její původní vzhled však můžeme vidět na barokní fresce podle gotické předlohy z 1. čtvrtiny 15. století, jež se nachází v minoritském kostele Nanebevzetí Panny Marie a má představovat přepadení Jihlavy okolními rytíři roku 1402.
První úpravy městského opevnění však přišly již v 15. století, kdy vznikla předsunutá zemní opevnění, valy a náspy, k nimž koncem třicetileté války přibyly bastiony, o jejichž zřízení se zasloužili Švédové. Sama brána prošla další úpravou již v roce 1548, kdy získala novou zvýšenou věž na místě staré nižší s taškovou krytinou a okna z cihlových tvarovek. Vedle toho bylo provedeno její omítnutí, vybudovány vnitřní kamenné schody a klenba nad průjezdem, upravena a vyzdobena vrchní část věže s makovicí, opraveny hodiny a pořízeno k nim nové kamenné závaží, nově obložen prkny padací most a pořízen nový klíč k bráně. Avšak roku 1551 došlo k požáru města, následkem čehož obdržela brána v roce 1564 2 cihlová podlaží a završení v podobě renesanční krenelované atiky. Díky tomu dosáhla současné výšky 24 m, přičemž věžní koruna je zdobena atikou.
Význam městského opevnění však postupně slábl a nadobro poklesl na přelomu 17. a 18. století, kdy začalo chátrat a příkopy byly zanášeny vším možným, jak různými sedimenty, tak i odpady, což vyvrcholilo roku 1755 formálním zrušením jihlavské pevnosti. V roce 1783 se pak zahájilo pozvolné odstraňování torzovitě dochovaných vnějších barokních zemních fortifikací, avšak větší část městského opevnění byla odklizena až v polovině 19. století, takže zaniklo předbraní s barbakánem, padacím mostem, baštami i průjezd uzavírající padací kovová mříž. Následně došlo i na brány samé, v nichž se dříve vybíralo mýto a následně sloužily i k bydlení - roku 1832 byla zbořena Křížová brána, v roce 1845 brány Brtnická a Brněnská a roku 1849 Špitálská, pouze brána Matky Boží byla zachována jako symbol města a jeho staré slávy, i když nebýt prolomení hradeb v dnešní Benešově ulici, tak by k tomuto asi nedošlo. Podobně se dělo i s věžemi, které se nacházely mezi branami - Vodovodní, Saskou a Růžovou mezi bránou Matky Boží a Špitálskou bránou; Poloviční a Wachswinterů Petrovických mezi Křížovou bránou a Českou bránou; Katovskou mezi Českou a Brtnickou bránou, na níž navazoval katův domek a nevěstinec a Tkalcovskou mezi Brtnickou bránou a bránou Matky Boží.
Další rekonstrukce brány proběhla roku 1853, kdy obdržela též hodinový stroj. V roce 1862 pak došlo ke zbourání předsunutého opevnění, tzv. předbraní. Roku 1876 proběhla další rekonstrukce brány, stejně tak na ni došlo v roce 1924, aby se na ni posléze zapomnělo. Celé dochované městské opevnění bylo postupně rekonstruováno od 50. let 20. století, protože roku 1950 byla Jihlava prohlášena městskou památkovou rezervací. Soustavnější zajištění a stavební i archeologický průzkum však zůstaly nesplněnou věcí ještě v následujícím desetiletí. V roce 1965 byla brána opravena a získala nový ciferník. 12. prosince 1972 bylo nakonec zapsáno do státního seznamu kulturních památek (viz
https://pamatkovykatalog.cz/mestske-opevneni-690942). Později si památkáři všimli statické poruchy brány i části městského opevnění, což nám dokládá stať "Statická porucha brány městského opevnění v Jihlavě" od Jindřicha Nolla a Jaroslavy Stöcklové, která vyšla v roce 1994 ve "Zprávách památkové péče". V téže době městský úřad v Jihlavě zadal vypracování odborného statického posudku. V lednu 1995 došlo k poklesu věže a ke zřícení části kamenné římsy, takže brána musela být staticky zajištěna. Došlo však k porušení koruny brány, která byla následujícího roku rozebrána a znovu postavena.
Po opravě bylo následně rozhodnuto o tom, že tato věžovitá stavba z režného lomového zdiva s průjezdem zaklenutým hrotitým obloukem a s výklenkem pro padací most bude pronajata ústředí KČT, k čemuž došlo 4. ledna 1999. 14. února 1999 došlo ke slavnostnímu otevření turistického infocentra na Bráně Matky Boží v Jihlavě. Ve středověké bráně byla navíc umístěna expozice věnovaná astronomii, starým hodinovým strojům a historii dolování v Jihlavě, později se tu objevily i jiné prezentace (viz
https://www.dojihlavy.cz/mista/brana-matky-bozi), ale nejznámější je kvůli svým výhledům na město. Na závěr uveďme jako zajímavost ještě to, že zdejší výběrčí mýta Simon Rotthansl měl v roce 1590 zemřít ve věku neuvěřitelných 104 let!