Důvod pojmenování obce není známý, ale tvrdí se, že zdejší krajina, která byla od nepaměti obklopena vodstvem, připomínala majiteli panství Benátky. Sám prof. Antonín Profous o tom ve své knize "Místní jména v Čechách. Jejich vznik, původní význam a změny. I. díl. A-H" píše toto:
"5. Benátky, ves 14 km jz. od Jaroměře: 1349 assignatio villae Benachkil (!) pro cella in Vrchlab, Mon. Vat. I n. 1136; 1523 (1497) s Máslojedy, s Račici, s Benátky, s Habřinkami (k pan. pardub.), AČ. 4/220; 1636 Benatky, DZ. 145 D 24.
U vsi a v ní se stéká několik potůčků."
Tato lokalita byla osídlena již někdy v době kamenné, což dokládají časté nálezy kamenných nástrojů, popelnic i dalších keramických nádob, např. v roce 1925 nebo v 80. a 90. letech 20. století, kdy tu byly objeveny stopy po kultuře lužické či ze střední až mladší doby hradištní. Později se tu měl nacházet na místě domů čp. 1 a 2 poplužní dvůr, ale jednoznačné důkazy o tom chybí. První zmínka o obci pochází z roku 1349, i když ta je jistě staršího původu. Dříve měla patřit pánům z Dobré Vody u Hořic, později připadla pruským křížovníkům a následně opatovickému klášteru. Po husitských válkách byla darována císařem Zikmundem Lucemburským do zástavy Alešovi Vřešťovskému z Riesenburka, který však zemřel bezdětný a předal zapsané statky nemanželskému synovi Alešovi, který je však brzy postoupil Janu Lupákovi z Riesenburka. V roce 1443 převzal statky Vilém Zajíc z Hasenburka, ale pro vzpouru proti králi Jiřímu z Poděbrad mu bylo veškeré jmění odňato a přešlo v držení královské komory. Roku 1468 se dostala obec zápisem krále Jiřího z Poděbrad Kdulincovi z Ostroměře za služby, jež učinil „k vybavení knížete Viktorina v klášteře třebíčském obleženého“. V roce 1493 Mikuláš Kdulinec z Ostroměře a na Smrkovicích postoupil všechna práva a zápisy na Benátkách, Račicích a Máslojedech po svém strýci a otci Petru a Benešovi Kdulincových z Ostroměře Vilému z Pernštejna. 12. května 1547 Jan z Pernštejna prodal obec spolu s výše jmenovanými obcemi Vilému Trčkovi z Lípy, čímž došlo k připojení k panství smiřickému, v jehož rámci Benátky vydržely až do roku 1849, kdy díky prozatímnímu zřízení obecnímu obdržely vlastní volenou samosprávu. V roce 1843 měly 34 domů a 230 obyvatel.
Roku 1849 se Benátky staly samostatnou politickou obcí. Během prusko-rakouské války byla obec opuštěna a na jejím území došlo k prudkým bojům. Nejprve byla obec ostřelována rakouským dělostřelectvem z „Rejdiště“ od Hořiněvsi, aby pruské síly nemohly postupovat od Cerekvice na Chlum. Obranu obce měl na starosti pouhý jeden prapor 12. pluku, takže se nakonec musel před pruskou přesilou z Benátek stáhnout. S tímto stavem se však rakouští vojáci nechtěli smířit, takže se o obec strhla velká bitva, jež si vyžádala množství raněných a zabitých na obou stranách, přičemž Prusům v jejich postupu nedokázali hrdinní Rakušané zabránit. Hned poté zde musel být zřízen polní lazaret. Stav obce byl po bitvě hrozivý, několik domů bylo střelbou zapáleno (čp. 5, 6, 10, 11) a 2 staří lidé Jiří Dubský a Marie Havlová, kteří se schovali před boji do sklepa čp. 11, byli nalezeni zadušení. Nejhorší však bylo to, že úroda na polích byla zničena a v celém okolí se nacházelo mnoho nevybuchlých granátů, což mělo za následek řadu zranění, zmrzačení a dokonce též i smrt. Josef Kadeřávek z čp. 24 byl totiž zabit při rozdělávání nevybuchlého granátu, když z něj chtěl vysypat střelný prach. V roce 1893 celé vedení obce podpořilo konání českých poslanců, když zaslalo nejen jim telegram, v němž byla tato slova: "Statečným poslancům svobodomyslným za neohrožené hájení nedílnosti našeho království českého hromové »Sláva!« Jen tak statně dále a nepovolte, my jsme připraveni! Jmenem obecního zastupitelstva: Jan Červinka, starosta." Dalším pro rozvoj obce špatným obdobím se stala 1. světová válka, z níž se nevrátilo 6 místních mužů (Josef Haňáček, Václav Koch, Josef Špráchal, František Vroubek, Josef Valášek a Karel Tomášek zůstal navždy nezvěstným).
To se změnilo po vzniku ČSR. Na památku 28. října 1918 byla zasazena u jezerské cesty nade vsí „Lípa svobody“. Roku 1919 došlo k ustavení družstva pro zavedení elektřiny a její upotřebení při všech hospodářských pracech. V roce 1926 byla nákladem 240 000 Kč vybudována škola. Do té doby navštěvovaly zdejší děti školu v Hněvčevsi a po odškolení obce krátce školu v Hořiněvsi, a to po dobu stavby školní budovy. Vyučování na ní bylo zahájeno 1. září 1926 a 19. září téhož roku byla slavnostně vysvěcena. Popřevratová doba však přinesla též zřízení obecní knihovny, místní osvětové komise a SDH (1924). V roce 1925 se ustavili divadelní ochotníci, kteří hráli v hostinci U Tatrmanů. Později však jejich činnost upadala až zanikla úplně a teprve v prosinci 1935 ji řídící učitel František Souček znovu vzkřísil (viz
https://www.amaterskedivadlo.cz/main.php?data=soubor&id=13944). V září 1933 vyhořelo stavení Jana Škvrny čp. 4. Roku 1941 byl do Benátek zaveden telefon. Jeho hovorna se nacházela v Jirsákově hostinci. O 2 roky později bylo ustaveno Kuratorium pro výchovu mládeže v Čechách a na Moravě, které však nevyvíjelo žádnou činnost. Stejně tak dopadlo též Národní souručenství. Na podzim 1944 se zřítilo na cestu v Mlakách německé letadlo. Výbuch byl tak silný, že dlaždice z mostu o hmotnosti kolem 1 q odlétla 150 m daleko. 10. května 1945 se objevila v obci Rudá armáda. V souvislosti s osídlováním Sudet ubylo v obci 50 obyvatel. Roku 1945 byl ustaven Jednotný svaz českých zemědělců. Zároveň vznikl Svaz české mládeže. O 4 roky později byla zřízena družstevní prádelna. K 1. srpnu 1951 došlo k přičlenění Benátek k Hoříněvsi. 31. března 1956 bylo ustaveno JZD, které bylo 1. ledna 1965 připojeno ke Státním statkům Smiřice. Rok 1956 byl též ve znamení velkých problémů s romskými nájemníky bývalého Jirsákova hostince čp. 2, jež sem byli v počtu 86 lidí nastěhováni bez povolení úřadů stavební firmou, která začala se stavbou hořiněveského kravína. V roce 1960 se obec opět osamostatnila. 1. září 1961 byla zrušena zdejší škola, která byla kvůli nízkému počtu žáků již v minulosti několikrát uzavřena (1946-1948, 1950-1956). Následně došlo k její přestavbě na pohostinství. V listopadu 1970 Rada MNV v Benátkách společně s LSD Jednota v Novém Bydžově slavnostně otevřela hospůdku Pod Svíbem. V roce 1971 byl ustaven SSM a došlo k výstavbě dvojice zdejších transformátorů. V letech 1971-1972 došlo k výstavbě prodejny smíšeného zboží. 1. ledna 1976 byla obec připojena k Hoříněvsi, od níž se odtrhla 1. července 1990. Od té doby je opět samostatnou obcí, která 3. května 2018 obdržela obecní symboly (viz
https://rekos.psp.cz/detail-symbolu/id/1772). Roku 1998 byla obec plynofikována. V roce 2017 vzniklo nové víceúčelové hřiště. V letech 2020-2021 došlo k úpravě obecního rybníka. V roce 2021 byl vybudován objekt pro SDH a mezi Benátkami a Hněvčevsí vznikla nová společná stezka pro pěší a cyklisty.
Nejvýraznější zdejší pamětihodností jsou renesanční sloupková Boží muka s výklenkovou kapličkou završenou křížem s letopočtem 1554, jež byla 24. října 1994 prohlášena za kulturní památku (viz
https://pamatkovykatalog.cz/bozi-muka-12225596). Kromě nich v Benátkách nalezneme rovněž kamenný kříž, který byl vybudován v roce 1870 nákladem Václava Podlipného a při cestě k Cerekvici nad Bystřicí další z roku 1919. Na paměť prusko-rakouské války z roku 1866 se na území obce nacházejí: pískovcová typová pyramida věnovaná 4 rakouským a pruským vojákům č. 213, pískovcový jehlanec věnovaný pruskému praporčíku Louisi von Seydlitz und Kurzbach od 2. magdeburského pěšího pluku č. 27 a dvěma rakouským polním myslivcům č. 214, pískovcová typová pyramida několika rakouských důstojníků od 2.a 27. praporu polních myslivců a 50 rakouských a pruských vojáků č. 220, kříž č. 306 typu č. 298 na hrobě 17 rakouských a pruských vojáků (zřízen Komitétem roku 1897), kříž č. 307 typu č. 298 na hrobě 60 rakouských a pruských vojáků (vybudován Komitétem v roce 1897), kříž č. 308 typu č. 298 na hrobě 8 rakouských a pruských vojáků (zřízen Komitétem roku 1897), kříž č. 309 typu č. 302A na hrobě padlých vojáků (postaven Komitétem v roce 1897) a ve stěně stodoly usedlosti čp. 2 zazděná pískovcová typová pyramida č. 468 věnovaná 4 pruským vojákům. Kříž č. 327 typu č. 302A na hrobě padlých vojáků z roku 1899, který stál v zahradě čp. 2 u zdi stodoly, zanikl. Stejně tak křiž č. 414 typu č. 302 na hrobě padlých vojáků, jenž zřídil Komitét v červnu 1907. Některé z nich byly opraveny v roce 2019.