Zdejší chrám Páně býval farním již ve 14. století, kdy bylo vysočanské zboží i podací královským majetkem, ale podle nepřímých důkazů zde mohl stávat již počátkem 13. století. V roce 1350 náležel pod bydžovský dekanát a královéhradecký archidiakonát, přičemž o 19 let později bylo odsud odváděno 12 grošů papežského desátku. Roku 1364 byl Benešem z Vartenberka podán na místo zemřelého plebána Příbka (též psáno jako Příbyka) kněz Racek. Když i on zemřel, tak ho 19. listopadu 1372 nahradil kněz Zdislav. O plebánu Zdeňkovi máme zprávu z roku 1378, kdy se vyskytuje jako svědek v církevních soudních aktech. V roce 1389 nastoupil po zemřelém plebánu Janu Skartu kněz Jan a po jeho smrti ho roku 1414 zastoupil kněz Filip. Ten v roce 1415 rezignoval a jeho nástupcem se stal kněz Martin. Ještě téhož roku však zemřel a vysočanským plebánem se stal kněz Václav, přičemž do svého úřadu byl uváděn bydžovským plebánem. Podle některých zdrojů došlo k opravě svatostánku roku 1442, někteří autoři však o tom pochybují a hovoří o tom, že došlo k záměně se stejnojmenným, mnohem známějším místem. 27. února 1479 se stal tamním plebánem kněz Jan, který předtím působil ve Všetatech. Po zániku místní fary, jež byla způsobena množstvím válečných konfliktů, zejména však třicetiletou válkou, se stal kostel filiálním k Novému Bydžovu.
Původní dřevěný kostel zanikl na přelomu 70. a 80. let 17. století, kdy vznikl nový svatostánek z téhož materiálu, ale v raně barokním slohu s některými gotickými prvky. První velkou obnovu zažil chrám Páně za bydžovského děkana Msgre. Jana Josefa Eschericha, jenž sem přišel z Luže v roce 1725. Vedle toho si z vysočanské kostelní pokladny vypůjčil 169 zlatých na opravu děkanského kostela. Roku 1770 byla na jižní straně kostela přistavěna zděná kaple, později předělaná na sakristii. V tereziánském katastru je uváděn již jako pouhá kaple sv. panny Markéty mučednice. Důkladné opravy se budova dočkala ve 2. polovině 19. století, a to díky děkanovi Msgre. Janu Novotnému, který působil v Novém Bydžově od roku 1869. Opravy kostelů ve Vysočanech a v Měníku měly vyjít celkem na 3 000 zlatých. Vnitřní úprava byla provedena naopak za děkana Msgre. Josefa Šrámka, jenž byl prezentován na novobydžovské děkanství v roce 1887. O dalších rekonstrukčních pracích bylo rozhodnuto v roce 1928. Od poloviny 20. století však začal kostel postupně chátrat a zájem o něj postupně chladl. 24. ledna 1964 byl objekt sice zapsán do státního seznamu kulturních památek (viz
https://www.pamatkovykatalog.cz/kostel-sv-markety-se-zvonici-13738870), ale většina rekonstrukčních prací počkala až do dnešní doby. V roce 2008 byla opravena střešní krytina a krovy. Roku 2014 bylo zprovozněno noční osvětlení objektu. V současné době došlo na opravy jeho dalších částí, což je vidět z přiložených fotografií.
Jedná se o jednolodní orientovanou stavbu s podélnou lodí a polygonálním závěrem. Plochostropá loď má stěny z překládaných trámů, na nichž se nachází silná vrstva omítky. Uvnitř bylo vestavěno dřevěné trojlodí s půlkruhovými arkádami, jejichž sloupy a archivolty jsou bohatě vyřezávané. Hudební kruchta je dřevěná a tříramenná. Segmentový vítězný oblouk je vyřezávaný a presbytář má plochý strop z dřevěných desek. Střecha je valbová a má na sobě umístěn osmiboký oplechovaný sanktusník s lucernou, jehlancovou střechou, makovicí a křížkem. Na jižní straně je situována mansardovou střechou krytá zděná čtvercová sakristie se stropní štukovou výzdobou, s dřevěným portálem a letopočtem 1770. Okna jsou půlkruhově uzavřená, vždy po 2 na každé straně v lodi i v presbytáři). Západní průčelí kostela je tvořeno svisle bedněným štítem z úzkých prken a zděnou částí se znatelným ústupkem v půlce výšky. Vstup v něm je segmentově zaklenutý a nad ním se nachází okénko. Podobně je tomu na jižní straně kostela.
Zařízení je většinou barokní z poloviny 18. století. Z konce toho předcházejícího mají pocházet: hlavní oltář a dvojice bočních oltářů sv. Josefa a Nanebevzetí Panny Marie, jež jsou raně barokní, rozvilinové. Obraz na hlavním oltáři má pocházet z téže doby, i když je již díky mnoha opravám přemalovaný. Současné varhany postavil v roce 1890 Josef Kobrle z Lomnice nad Popelkou (viz
http://www.varhany.net/cardheader.php?lok=3675).
Zvony bývaly vždy umístěny v samostatné dřevěné polygonální zvonici s jehlancovitou střechou a s trojicí vstupů, jež byla vybudována kolem roku 1780 a dnes má být jedinou svého druhu v celém východočeském Polabí, alespoň podle díla „Chlumecko. Novobydžovsko. Historie a architektonické památky Pocidliní 1“. Dnes by zde měly být zavěšeny zvony: sv. Bartoloměj o hmotnosti 1 700 kg, který byl ulit v roce 1580; sv. Josef o hmotnosti 820 kg a sv. Jan Křtitel o hmotnosti 380 kg.